我在我的Ubuntu机器13.10上安装XML和RCurl时遇到了一些麻烦.我今天进行了所有sudo更新和升级.
我正试图用R拨浪鼓.我无法安装使用拨浪鼓所需的'XML'.这与一年后在这里提出的问题几乎是同一个问题.以下是我要回复的错误消息:
> install.packages("RCurl")
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 850 Kb
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’
Warning in install.packages :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in …搜索stackoverflow问题,我发现了这个链接: 下载自定义文件时file.download出错.
但是,我的情况有点不同(我认为):
1)从CRAN安装一些软件包(或者只是一些通常与所需软件包一起安装的依赖项)时,我收到了这个恼人的警告.
2)下载的长度似乎总是等于报告的长度,因此不应该有警告.
作为一个例子,我在这里复制粘贴刚更新时出现的警告mgcv.
Warning message:
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :
downloaded length 1886962 != reported length 1886962
该mode参数已设置为"wb",因此SO链接中提供的解决方案似乎不起作用.
这很奇怪,因为我最近因其他原因重新安装了R和RStudio,但这个警告并没有消失.
任何建议都是受欢迎的.
是否有类似requirements.txtPython 的功能,您可以在其中存储用于文件的包列表,并且每当其他人想要运行您的程序并且需要安装依赖项时,他们就可以这样做pip install -r requirements.txt.
我认为,在将R脚本部署到生产环境中时,这会有很大帮助.如果没有这样的功能,我该如何复制它？
可能是一个非常基本的问题,但朋友和我试图跑str(packge_name),R给我们一个错误.现在我正在看它,我想知道R包是否像.zip文件一样,它是一个对象集合,比如图片和歌曲,但不是图片或歌曲本身.
如果我试图用图像浏览器打开一个图片拉链,它就不会知道该做什么,直到我解压缩它 - 就像我不能打电话str(forecast)但我可以str(ts)在我将预测包加载到我的库中后调用. ..
谁能让我直截了当？
我正在使用R版本3.1.2(2014-10-31) - 平台上的"Pumpkin Helmet":x86_64-pc-linux-gnu(64位).
我在使用RStudio在R中安装新软件包时遇到问题.当我调用该install.packages()函数时,我得到:
Warning in install.packages :
system call failed: Cannot allocate memory
Warning in install.packages :
installation of package ‘pastecs’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmpi0toFl/downloaded_packages’
我通过shell命令安装了R,它运行正常.我也将swappiness值降低到10,但我不确定它是否与问题有关.
提前致谢!
当安装程序运行加载测试时,我在尝试安装时readxl或haven在R(tidyverse编译后的两个依赖项)中不断收到以下错误:
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
unable to load shared object '<my_lib_Path>/readxl/libs/readxl.so':
<my_lib_path>/readxl/libs/readxl.so: undefined symbol: libiconv
Error loading failed
我有libiconv.so一个本地的lib路径(不适用于R软件包),它包含LD_LIBRARY_PATH在我的R会话中我已经验证了Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")该目录.为什么R的动态库加载器不能找到这个共享对象？ 是否有一个不同的R特定环境变量我需要定义以使R中的动态库加载器搜索我的本地lib路径？
请注意,这不是R库路径的问题,而是R包具有的非R依赖性.如果我正在编译和链接C++代码,gcc将使用ld,从而LD_LIBRARY_PATH跟踪动态依赖项.R似乎并不尊重这种相当常见的方法,而且我似乎无法找到有关如何管理这些更细粒度的依赖性问题的任何文档.
!> sessionInfo()
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C …我把所有东西都用在了R和RStudio上,但是在清理我的计算机目录和文件时我移动了文件夹.现在我收到以下错误消息.
R和RStudio应该安装在Program Files或Program Files (x86)？我应该有两个libPaths吗？
install.packages("C:/Users/kevin/Downloads/fpp_0.5.zip", repos = NULL)
## Warning in install.packages :
## package ‘C:/Users/kevin/Downloads/fpp_0.5.zip’
## is not available (for R version 3.0.0)
## Installing package into ‘C:/Users/kevin/Documents/R/win-library/3.0’
## (as ‘lib’ is unspecified)
## package ‘fpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
library("fpp", lib.loc="C:/Users/kevin/Documents/R/win-library/3.0")
Loading required package: forecast
## Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) :
## there is no package called ‘colorspace’
## Error: package ‘forecast’ could …我问这个问题是因为我最近解决了安装R Shiny的问题(见下文).但是,我发现的答案没有详细说明为什么会出现这个问题,而且我真的想要了解提高我对R的知识以及为什么会发生这些问题.
所以我在RStudio中安装Shiny的尝试失败了,我相信这些是重要的错误信息:
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :
namespace 'httpuv' 1.3.3 is being loaded, but >= 1.4.3 is required
ERROR: lazy loading failed for package 'shiny'
* removing 'C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/shiny'
* restoring previous 'C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/shiny'
Warning in install.packages :
running command '"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.2/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Program Files\R\R-3.2.2\library" C:\Users\Sam\AppData\Local\Temp\RtmpuI3XHe/downloaded_packages/shiny_1.1.0.tar.gz' had status 1
Warning in install.packages :
installation of package ‘shiny’ had non-zero exit status
我首先完成了常规流程以找到解决方案.
我尝试的其他解决方案包括:
install.packages("shiny", dependencies=TRUE). …我创建并发布了一个私有的 Github 包。首先尝试用纱线安装它，我面临以下问题：
无论我尝试使用 yarn 还是 npm，它都无法找到包，尽管遵循 Github 记录的确切步骤（https://help.github.com/en/github/managing-packages-with-github-package-registry/配置 npm-for-use-with-github-package-registry）。
我的.yarnrc：
registry "https://npm.pkg.github.com/OWNER"
使用yarn，它会不断尝试查找包https://registry.yarnpkg.com/@GITHUB_USERNAME而不是我在上面输入的注册表。
备注：在.yarnrc注册表中需要按照稍微不同的语法添加：
registry "https://npm.pkg.github.com/"
到目前为止，我也开始尝试混合.npmrc和.yarnrc配置，但没有运气。
——
编辑（部分解决）
我想出了如何使用 npm 或 - 在我的情况下 - 纱线来实际访问包。现在我遇到了Request failed \"401 Unauthorized\"错误的问题，尽管我在上面添加了凭据.yarnrc：
//npm.pkg.github.com/:_authToken=AUTH_TOKEN
在里面做同样的.npmrc事情也行不通。
我想安装包"car",但它取决于包"pbkrtest"我无法安装:
错误:依赖'pbkrtest'不适用于包'car'在install.packages中警告:包'car'的安装具有非零退出状态install.packages("pbkrtest")将包安装到'/ home/d9999/R /x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2'(未指定'lib')install.packages中的警告:****包**'pbkrtest'不可用(对于R版本3.2.2)******
你有好主意吗 ？
R Studio版本:0.99.489 R版本3.2.2(2015-08-14)平台:x86_64-redhat-linux-gnu(64位)