标签: install.packages

我如何获得'rcom'套餐?

当我尝试执行此操作时,
install.packages("rcom")
我收到了警告
package ‘rcom’ is not available (for R version 3.1.2)

我也试过这个
install.packages(c(, "rcom"), repos = "http://rcom.univie.ac.at/download", lib=.Library)
,我把它作为warnig
Warning: unable to access index for repository http://rcom.univie.ac.at/download/bin/windows/contrib/3.1
警告信息:
package ‘rcom’ is not available (for R version 3.1.2)

r install.packages

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在 linux 上安装 Rglpk

我正在尝试使用 install.packages 命令安装 Rglpk。我收到此错误:/bin/sh: line 0: cd: GLPK: No such file or directory make: *** [GLPK.ts] Error 1

glpk-dev 包已经安装:

转速 -qa| grep glpk-dev glpk-devel-4.40-1.1.el6.x86_64

谢谢你的帮助,

install.packages

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无法卸载软件包

您好,我卸载了一个软件包,但它看起来仍然可以访问,有人可以帮忙吗?感谢你!

\n\n
> remove.packages("RODBC")\nRemoving package from \xe2\x80\x98E:/R/R-3.3.3/library\xe2\x80\x99\n(as \xe2\x80\x98lib\xe2\x80\x99 is unspecified)\n\n> library(RODBC)\n# no error. it\'s still there\n\n> attr(sessionInfo()$otherPkgs$RODBC, "file")\n[1] "E:/R/R-3.3.3/library/RODBC/Meta/package.rds"\n# it really is there...\n\n\n> remove.packages("dplyr")\nRemoving package from \xe2\x80\x98E:/R/R-3.3.3/library\xe2\x80\x99\n(as \xe2\x80\x98lib\xe2\x80\x99 is unspecified)\n> library(dplyr)\nError in library(dplyr) : there is no package called \xe2\x80\x98dplyr\xe2\x80\x99\n# this guy is removed\n\n\n> .Library\n[1] "E:/R/R-3.3.3/library"\n\n> .libPaths()\n[1] "E:/R/R-3.3.3/library"\n
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)\n\n

是否有可能该包RODBC正在使用中而无法删除?

\n

r uninstallation install.packages

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全局安装具有对等依赖关系的 npm 包(package.json 中未提及)

我正在尝试使用 npm 全局安装marktext(克隆存储库后):

npm install -g
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

npm WARN dagre-d3-renderer@0.5.8 requires a peer of d3@^4.13.0 but none is installed. You must install peer dependencies yourself.

我应该如何安装全局包的对等依赖项?请给出命令,以确保安全并防止将来发生冲突。


我做了,npm install -g d3@^4.13.0但我仍然得到同样的错误。

这是全局安装依赖项的好主意吗?另外,当我进行全局更新时,我是否需要在全局版本中锁定它以防止自动更新?

dependencies global npm install.packages package.json

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R 不断询问“从需要编译的源安装”

我想安装软件包(devtoolsplyr和其他几个人),并保持陷入同样的问题,这似乎往往比其他人出现一些软件包

 There are binary versions available but the
  source versions are later:
          binary source needs_compilation
processx  2.0.0.1  3.2.1              TRUE
desc        1.1.1  1.2.0             FALSE
callr       1.0.0  3.1.1             FALSE
git2r      0.21.0 0.24.0              TRUE
rcmdcheck   1.2.1  1.3.2             FALSE
usethis     1.1.0  1.4.0             FALSE
devtools   1.13.4  2.0.1             FALSE

Do you want to install from sources the packages which need compilation?
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

好吧,老实说,我不知道这意味着什么,但机会是 50/50

无论我选择 y 还是 n 我最终都会得到:

Packages which are only available in source
  form, and may need compilation of
  C/C++/Fortran: …
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

r repository cran install.packages

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从requirements.txt文件安装R包

Python中有没有像requirements.txt这样的功能,您可以将使用的包列表存储到文件中,每当其他人想要运行您的程序并需要安装依赖项时,他们只需执行pip install -r requests即可。 TXT。

我认为,这在将 R 脚本部署到生产中时有很大帮助。如果没有这样的功能,我该如何复制它?

r pip requirements.txt install.packages

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多个 Dockerfile 的一个 R 包文件

我已经构建了两个Docker 镜像,一个是我的rstudio镜像,另一个是运行我的 cronjobs(R 脚本)的cron镜像。 我正在构建其他图像(Shiny 等),它们需要与 cron 图像和 rstudio 图像完全相同的 R 包。 所以我想要一个文件,我可以在其中列出不同图像所需的所有 R 包。我的文件夹的结构如下:

??? cron
?   ??? crontab
?   ??? Dockerfile
??? rstudio
?   ??? Dockerfile
??? r_packages.txt
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

例如,对于我的rstudio映像的Dockerfile,我尝试了以下操作:

FROM rocker/tidyverse:3.6.1

## Create directories
RUN mkdir -p /rstudio
RUN mkdir -p /rscripts

RUN cat /home/ec2-user/r_packages.txt
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

r_packages.txt的内容如下:

R -e "install.packages(c('writexl','readxl','rjson','httr','rvest','DBI','RPostgres','stringr','xlsx','knitr','kableExtra','devtools','RSelenium'))"
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

但我收到以下错误:

cat: /home/ec2-user/r_packages.txt: 没有那个文件或目录

因为我认为r_packages.txt应该与我的rstudio Dockerfile位于同一目录中,但我希望我的 r_packages 可用于我的所有图像,我该如何实现?

r package docker install.packages dockerfile

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安装新版本 R 后恢复所有 R 包?

当您进行更新时,当某些软件包打开但其余软件包(或其他来源)R打开时,重新安装和更新先前R版本上已安装的所有软件包的最佳方法是什么?CRANgithub

过去,我遵循以下方法:

打开旧版本R(例如R 3.6)并复制所有已安装的软件包:

installed <- as.data.frame(installed.packages())
#save a copy
write.csv(installed, 'previously_installed.csv')
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

然后安装并打开新版本R(例如R 4.1),读取旧包名称并安装(从默认值CRAN:):

previously_installed <- read.csv('previously_installed.csv')
package_list <- as.character(previously_installed$Package)
package_list

install.lib <- package_list[!package_list %in% installed.packages()]   
for(lib in install.lib) install.packages(lib, dependencies = TRUE)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这非常有效,但只会安装已打开的软件包,因此不会安装CRAN所有已打开的软件包。github有没有办法自动安装这些软件包github

您可以找出哪些软件包未安装(例如剩余的github软件包):

git_packages_not_installed <- install.lib[!install.lib %in% installed.packages()] 
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我认为您需要知道作者姓名才能安装所有github软件包,所以我不确定如何自动执行此操作(例如devtools::install_github("DeveloperName/PackageName")。我知道您可以提供两个存储库选项,但我不确定这是否有帮助或参见此处

在这种情况下,最佳实践是什么?

谢谢

r github repository cran install.packages

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R gmp包安装失败;配置:错误:找不到头文件 gmp.h

尝试安装R gmp包时,安装失败,因为出现以下错误:configure: error: 头文件 gmp.h not found

整个日志:

> installing *source* package 'gmp' ...
> package 'gmp' successfully unpacked and MD5 sums checked
> using staged installation
> checking for gcc... gcc
> checking whether the C compiler works... yes
> checking for C compiler default output file name... a.out
> checking for suffix of executables...
> checking whether we are cross compiling... no
> checking for suffix of object files... o
> checking whether we are using the GNU …
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r gmp install.packages

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如何处理 install.packages( ) 警告“package 'Rtools' is not available for this version of R”?

尝试安装时 Rtools,我收到以下消息。我的 R 版本是 4.1.2。

\n

install.packages("Rtools")\n警告:构建 R 包需要 Rtools,但当前尚未安装。请先下载并安装适当版本的 Rtools,然后再继续:

\n

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/ \ninstall.packages 中的警告:\npackage \xe2\x80\x98Rtools\xe2\x80\x99 不适用于此版本的 R

\n

适用于您的 R 版本的此软件包的版本可能在其他地方可用,\n请参阅\n https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-包

\n

关于如何安装 Rtools 有什么想法吗?

\n

install.packages rtools

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