标签: install.packages

直到最近R升级后奇怪的事情才开始发生,我在Ubuntu 14.04上是一个快乐的StatET用户.与网络操作相关的任何内容都将失败 例如,我无法再从CRAN安装软件包:

> install.packages("Hmisc")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in url("http://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv") : 
  internet routines cannot be loaded
In addition: Warning message:
In url("http://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv") :
  unable to load shared object '/usr/lib/R/modules//internet.so':
  /usr/lib/R/modules//internet.so: symbol curl_multi_wait, version CURL_OPENSSL_3 not defined in file libcurl.so.4 with link time reference

如果我在终端中运行R,它会顺利运行:

> install.packages("Hmisc")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.at.r-project.org/src/contrib/Hmisc_3.16-0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 629536 …

由于我在Win 7中更新了R(至3.2.2)和RStudio(至0.99.486),因此在下载软件包时遇到问题.

我知道这里提出的问题,但都没有

setInternet2(TRUE)

也没有改变CRAN镜子的帮助."工具 - >全局选项 - >包 - >"使用Internet Explorer库/代理进行HTTP"也已取消选中,我确保我的Firefox不使用代理.

我试过了

setRepositories()

以及手动安装包

install.packages('dplyr', repos='https://cran.uni-muenster.de/')

但我仍然得到消息:

Warning in install.packages :
  InternetOpenUrl failed: 'Der Servername oder die Serveradresse konnte nicht verarbeitet werden.'
Warning in install.packages :
  InternetOpenUrl failed: 'Der Servername oder die Serveradresse konnte nicht verarbeitet werden.'
Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://R-Forge.R-project.org/src/contrib
Warning in install.packages :
  InternetOpenUrl failed: 'Der Servername oder die Serveradresse konnte nicht verarbeitet werden.'
Warning in …

我在docker文件中使用下面的行安装了R. 请建议如何指定要在我的docker文件中安装的软件包.

RUN yum -y install R-core R-devel

我正在做这样的事情:

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"\
    && R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" \
    && R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" 

这是正确的方法吗？

我有一堆软件包及其依赖项的源文件,我想安装在没有Internet访问权限的计算机上.我想使用USB记忆棒在其他计算机上安装所有这些,但是某些软件包的安装失败,因为在软件包之前没有安装依赖项.如何在需要它们的软件包之前按顺序安装依赖项？

这是我当前获取包及其依赖项的方法,并以正确的顺序获取它们:

# find the dependencies for the packages I want
# from http://stackoverflow.com/a/15650828/1036500
getPackages <- function(packs){
  packages <- unlist(
    tools::package_dependencies(packs, available.packages(),
                                which=c("Depends", "Imports"), recursive=TRUE)
  )
  packages <- union(packages, packs)
  packages
}

# packages I want 
my_packages <- c('stringr', 'devtools', 'ggplot2', 'dplyr', 'tidyr', 'rmarkdown', 'knitr', 'reshape2', 'gdata')

# get names of dependencies and try to get them in the right order, this seems ridiculous... 
my_packages_and_dependencies <- getPackages(my_packages)
dependencies_only <- setdiff(my_packages_and_dependencies, my_packages)
deps_of_deps <- getPackages(dependencies_only)
deps_of_deps_of_deps <- getPackages(deps_of_deps)
my_packages_and_dependencies <- unique(c(deps_of_deps_of_deps, …

我很困惑.我已经完成了这个过程十几次,从来没有遇到过这个问题.

我为Ubuntu安装了最新版本的R.

我输入R,没有任何问题,给我最新版本,我可以加载本机包.

但是当我尝试安装新软件包时,他们会下载,但我什么都没得到.例如,如果我安装ggp​​lot2:

> install.packages("ggplot2")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘colorspace’, ‘stringr’, ‘RColorBrewer’, ‘dichromat’, ‘munsell’, ‘labeling’, ‘plyr’, ‘digest’, ‘gtable’, ‘reshape2’, ‘scales’, ‘proto’

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/colorspace_1.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 242791 bytes (237 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 237 Kb

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/stringr_0.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 20636 bytes (20 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 20 Kb

[snip ... ]

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/ggplot2_0.9.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2330942 bytes (2.2 Mb)
opened URL …

Ubuntu,Linux Mint,Debian

ERROR: 'configure' exists but is not executable -- see the 'R Installation and Administration Manual'

Warning in install.packages : installation of package ‘e1071’ had non-zero exit status

如果您在Linux上遇到上面的错误代码,这里有一个简单的解决方法:

为什么会出现此错误？

因为文件夹R临时存储,即下载包文件被"标记"为不可执行,即noexec.这意味着禁止编译,在这种情况下,对于给定的包是必需的.

怎么解决？

我卸载分区/文件夹,将状态更改为可执行文件,然后再次安装它.这是Ubuntu和Linux Mint的终端代码:

mount -o remount,exec /tmp

如果您要撤消可执行设置,请找到以下代码:

mount -o remount,noexec /tmp

这可能发生在Windows上吗？

是的,它可以,我可以确认同样的问题.此处的解决方案有点更好: 无法在Windows 7上更新默认库中的R包

1. C:\ Program Files\R - 此文件夹包含"R",而不是RStudio文件夹!
2. 右键单击属性.
3. 安全.
4. 在"我们的用户名组"中选择您的姓名.
5. 单击"编辑".
6. 选择"完全控制".
7. 单击"应用"和"确定".

我编写了一个使用devtools来包含内部数据的包:

devtools::use_data(.data, internal = T, overwrite = T)

我最近更改了这些数据并重建了包.我想在另一台当前加载旧软件包的机器上升级该软件包:

detach('package:myPackage', unload=T)
remove.packages('myPackage')
install.packages(repos=NULL, 'myPackage.zip')

我检查一下这些变化是否已经完成:

length(myPackage:::.data[[1]])
[1] 2169

不是我期待的......也许重启会有所帮助？

Restarting R session...
length(myPackage:::.data[[1]])
[1] 2179

这是预期的结果.

阅读分离的帮助表明它在某些情况下可能是片状的,例如:

如果在加载了命名空间的包上使用库,则会附加已加载的命名空间的导出.因此,分离和重新附加包可能不会刷新包的一些或所有组件,并且是不可取的.

我的情况是,我想彻底清除加载的包,以便我可以更新它.有没有办法在不重新启动R的情况下执行此操作？

编辑2016/10/28 - 使用下面的可重现示例进行更新

• 在Windows上测试
• 需要devtools

...

# setup package in temp dir
pkg_dir <- file.path(tempfile(), 'dummy.test.pkg')
dir.create(pkg_dir, recursive=T)
devtools::create(pkg_dir)
setwd(pkg_dir)

# read description
desc <- readChar('DESCRIPTION', file.size('DESCRIPTION'))

# create and build package v01
.testval <- c(1,2,3)
devtools::use_data(.testval, internal=T, overwrite=T)
v01 <- sub('\\d+\\.\\d+\\.\\d+\\.\\d+', '0.0.0.1', desc, perl=T)
writeChar(v01, 'DESCRIPTION')
bin01 <- …

在Ubuntu 14.04上,值得信赖:

install.packages('topicmodels')

错误信息:

compilation terminated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/topicmodels’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp1L79dj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("topicmodels") :
  installation of package ‘topicmodels’ had **non-zero exit status**

[与14382209类似的问题，但那里的建议没有解决这个问题]

在 Windows 7 工作计算机上新安装 R 4.0.0tidyverse会返回此经典的“无法创建锁定目录”错误

 install.packages(\'tidyverse\')\nWARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:\n\nhttps://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/\nInstalling package into \xe2\x80\x98\\\\ukbia04sfsrv002.a04.dt21.svcs.hp.com/users/A04/ocarrib/R/win-library/4.0\xe2\x80\x99\n(as \xe2\x80\x98lib\xe2\x80\x99 is unspecified)\nalso installing the dependencies \xe2\x80\x98highr\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98markdown\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98testthat\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98RColorBrewer\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98viridisLite\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98askpass\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98rematch\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98prettyunits\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98processx\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98knitr\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98yaml\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98htmltools\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98evaluate\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98base64enc\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98tinytex\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98xfun\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98backports\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98generics\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98reshape2\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98assertthat\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98glue\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98fansi\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98DBI\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98lifecycle\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98R6\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98tidyselect\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98ellipsis\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98pkgconfig\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98Rcpp\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98BH\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98plogr\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98digest\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98gtable\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98isoband\xe2\x80\x99, \xe2\x80\x98scales\xe2\x80\x99, …

另一个帮助在Linux 上安装nloptr包(Ubuntu 14.04.4 LTS).我查看了许多问题,但没有找到解决方案.

我无法在R(版本3.3.1/Rstudio版本0.99.902)作为安装的安装包lme4 nloptr具有非零退出状态.当我尝试

    install.package("nloptr") 

我得到以下内容:

Installing package into ‘/home/rd14/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/nloptr_1.0.4.tar.gz'
Content type 'unknown' length 353942 bytes (345 KB)
==================================================
downloaded 345 KB

* installing *source* package ‘nloptr’ ...
** package ‘nloptr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for g++... g++
checking whether the C++ compiler works... yes
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... …