标签: install.packages

我无法在R中加载汽车包.我尝试重新安装使用

install.packages("car",dependencies=TRUE)

来自R和RStudio.我尝试quantreg按照另一篇文章中的建议进行安装,然后重新安装.安装似乎是成功的,但根本无法加载程序.

这是完整的错误:

loadNamespace出错(j < - i [[1L]],c(lib.loc,.libPaths()),versionCheck = vI [[j]]):没有名为'pbkrtest'的包
另外:警告信息:包'car'是在R版本3.2.3下构建的.
错误:'car'的包或命名空间加载失败

我正在尝试安装 CRAN 群体遗传学包hierfstat；但是 libproj.so.13 打印出以下错误：

> install.packages("hierfstat")\nInstalling package into \xe2\x80\x98/home/ecoevo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6\xe2\x80\x99\n(as \xe2\x80\x98lib\xe2\x80\x99 is unspecified)\ntrying URL \'https://cloud.r-project.org/src/contrib/hierfstat_0.04-22.tar.gz\'\nContent type \'application/x-gzip\' length 460778 bytes (449 KB)\n==================================================\ndownloaded 449 KB\n\n* installing *source* package \xe2\x80\x98hierfstat\xe2\x80\x99 ...\n** package \xe2\x80\x98hierfstat\xe2\x80\x99 successfully unpacked and MD5 sums checked\n** using staged installation\n** R\n** data\n** inst\n** byte-compile and prepare package for lazy loading\nError in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : \n  unable to load shared object \'/home/ecoevo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/sf/libs/sf.so\':\n  libproj.so.13: cannot open shared object file: No such file or directory\nCalls: <Anonymous> ... …

我在 2103 MacBook Pro 上使用 R Studio。我在下载和安装软件包之前没有问题，但最近我的所有软件包都被下载，然后无法安装：

trying URL 'http://cran.rstudio.com/bin/macosx/mavericks/contrib/3.1/manipulate_1.0.1.tgz' 
Content type 'application/x-gzip' length 33770 bytes (32 Kb) 
opened URL
==================================================
downloaded 32 Kb

The downloaded binary packages are in
/var/folders/yl/7q0_4h3j60d5pp52vmz0b06r0000gn/T//Rtmpa4oYSr/downloaded_packages

.libPath() 返回我的 R 库的正确位置（不是这个）

我可以从下载的包中手动安装，但是这个额外的步骤非常烦人，我想恢复正确的行为。

似乎有人在这里遇到了同样的问题。解决方案是添加更多交换空间。这似乎不是我的问题，因为我的机器上似乎有足够的交换和 RAM。

有没有人遇到并解决过这个问题？

希望这有一个简单的答案,但我还没有找到它.

我正在编写一个R包,当安装在Windows上时,我希望它执行一个搜索系统文件的脚本,list.files(path = "C:/Program Files/, ...)然后将该路径作为文本文件保存到包目录中供以后参考.

我尝试保存脚本,src/install.libs.R但是阻止了我的包构建.

如果有替代解决方案,我正在尝试保存驻留在程序文件目录(某处!)中的javaw.exe文件的路径,以便我可以通过函数快速调用它system2().

我在更新R后在CentOS上的R中安装软件包时遇到了一些麻烦.下面是我尝试在R中安装软件包时会发生什么的示例:

> install.packages("ggplot2")
Installing package into '/home/albers/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2'
(as 'lib' is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Error in download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  internet routines cannot be loaded
In addition: Warning message:
In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  unable to load shared object '/usr/local/lib64/R/modules//internet.so':
  /usr/local/lib64/R/modules//internet.so: undefined symbol: curl_multi_wait
HTTPS CRAN mirror

 1: 0-Cloud [https]                2: Austria [https]
 3: Chile [https]                  4: China (Beijing 4) [https]
 5: Colombia …

通常，install.packages(..., type = "both")如果有需要从源代码构建的包，则需要用户输入。

例如（目前，使用 R 3.5.1），install.packages(c("feather", "tidyr"), type = "both"))将从二进制安装 tidyr 并从源代码安装 Feather，只要用户在进行 Feather 安装时单击“是”。

有没有办法自动点击是，或者不需要用户通过一些选项输入 install.packages()？

注意： install.packages(..., type = "source")不需要用户输入，但它会构建所有包，在这种情况下这不是理想的行为。

我将Google colab用于我的一个项目。我有一个软件包列表，我需要它们才能完美运行笔记本电脑。因此，我是否应该在每次启动colab时都安装所有软件包，或者仅安装一次就可以永久使用它们？

我的 gdtools 包有问题。我想从源代码安装它，但不幸的是我无法在 Linux 机器上安装任何额外的库。我正在做的就是解决这个问题，它是在安装时包含软件包：

install.packages(repos = c("http://localhost.net/cran"), type = "source", pkgs = c('gdtools'), configure.vars = c("INCLUDE_DIR=/extra/gdtools/windows/cairo-1.15.10/include/cairo"))

这让我可以更进一步。但是我需要再包含一个目录，指向 freetype 库：/extra/gdtools/windows/cairo-1.15.10/include/freetype2/freetype

但是当我尝试将其添加到命令时它不起作用。我尝试过很多方法，例如它不起作用：

install.packages(repos = c("http://localhost.net/cran"), type = "source", pkgs = c('gdtools'), configure.vars = c("INCLUDE_DIR=/extra/gdtools/windows/cairo-1.15.10/include/cairo /extra/gdtools/windows/cairo-1.15.10/include/freetype2/freetype"))

有人可以帮我怎么做吗？我也从 R CMD 级别尝试过。任何解决方案对我来说都是可以接受的。

我正在尝试安装 的开发版本tidyr。当我尝试devtools::install_github("tidyverse/tidyr")或 时remotes::install_github("tidyverse/tidyr")，出现以下错误：

> devtools::install_github("tidyverse/tidyr")\nDownloading GitHub repo tidyverse/tidyr@master\nDownloading GitHub repo r-lib/vctrs@master\nThese packages have more recent versions available.\nWhich would you like to update?\n\n1:   All\n2:   CRAN packages only\n3:   None\n4:   rlang    (0.3.4 -> 18856f22a...) [GitHub]\n5:   ellipsis (0.1.0 -> 9908b24a2...) [GitHub]\n\nEnter one or more numbers separated by spaces, or an empty line to cancel\n1: 1\nrlang    (0.3.4 -> 18856f22a...) [GitHub]\nellipsis (0.1.0 -> 9908b24a2...) [GitHub]\nDownloading GitHub repo r-lib/rlang@master\n\xe2\x88\x9a  checking for file \'C:\\Users\\owner\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpYDrYNh\\remotes96bc1c295445\\r-lib-rlang-18856f2/DESCRIPTION\' ...\n-  preparing \'rlang\': (2s)\n\xe2\x88\x9a  checking DESCRIPTION meta-information …

我在无法访问互联网的计算机上的 Windows 下使用自定义本地 CRAN 镜像 (jfrog) 时遇到问题：

• 在 R 4.1.2 中，我通过 https 访问镜像没有问题，
• 在 R 4.2.0 中，我收到错误，无法通过 https 访问 PACKAGES 中的索引。

浏览网页后，我看到了更多类似的问题，但没有一个完全相同（参见，例如此处），我通过添加到我的 .Rprofile 来解决这个问题

options(repos = c(CRAN = "internalrepo"),
     download.file.method = "curl",
     download.file.extra = "-k -L")

绕过检查 SSL 证书。

这对我来说适用于只能访问本地网络的计算机，但对于使用自定义 CRAN 镜像连接到互联网的计算机来说，这似乎是一个坏主意。

另外，我想了解问题的原因。R 处理 SSL 证书的方式是否发生了变化，或者我们在 R 4.2 的安装中是否破坏了某些内容？

sessionInfo()R 4.1.2 和 R 4.2.0 之间没有Sys.getenv()显示出太大差异，但在 R 4.2.0 中，我看到有一个额外的环境变量 CURL_CA_BUNDLE指向 R 安装目录 /etc/curl-ca-bundle.crt