打印以特定字符串开头的列

Question

我有一个看起来像这样的文件：

ID101     G    T     freq=.5     nonetype     ANC=.1     addinfor
ID102     A    T     freq=.3     ANC=.01    addinfor
ID102     A    T     freq=.01     type=1     ALT=0.022    ANC=.02    addinfor

如您所见，每行的列数略有不同。我特别想要第 1 列、第 2 列、第 3 列、第 4 列和以ANC=

期望的输出：

ID101     G    T     freq=.5     ANC=.1
ID102     A    T     freq=.3     ANC=.01
ID102     A    T     freq=.01    ANC=.02

我一般使用 awk 命令来解析文件：

awk 'BEGIN {OFS = "\t"} {print $1, $2, $3, $4}'

是否有一种简单的方法可以更改此命令以适用于此类情况？

我认为这样的事情可能会奏效：

awk '{for(j=1;j<=NF;j++){if($j~/^ANC=/){print $j}}}'

但是，如何编辑它以打印第一列？

Answer 1

与awk：

awk '{for(i=5;i<=NF;i++){if($i~/^ANC=/){a=$i}} print $1,$2,$3,$4,a}' file

• for(...)循环遍历所有字段，从字段 5 ( i=5) 开始。
  • if($i~/^ANC=/) 检查该字段是否以 ANC=
  • a=$i 如果是，将变量 a 设置为该值
• print $1,$2,$3,$4,a打印字段 1-4，然后是存储在a.

BEGIN {OFS="\t"}当然可以结合。