我有两张图,我试图将一个叠加在另一个上面:
数据框"ge"的示例如下所示.实际上有10个Genes,每个200个样本,所以有2000行和3列:
Exp Gene Sample
903.0 1 1
1060.0 1 2
786.0 1 3
736.0 1 4
649.0 2 1
657.0 2 2
733.5 2 3
774.0 2 4
数据框"avg"的示例如下所示.这是所有样品中每个基因的数据点的平均值.实际上这个图有10个基因,所以矩阵是4col X 10行:
mean Gene sd se
684.2034 1 102.7142 7.191435
723.2892 2 100.6102 7.044122
第一张图描绘了每个基因的平均表达线以及每个数据点的标准偏差.
avggraph <- ggplot(avg, aes(x=Gene, y=mean)) + geom_point() +geom_line() + geom_errorbar(aes(ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), width=.1)
第二张图描绘了跨所有基因的每个样品的线形式的基因表达.
linegraphs <- ggplot(ge, aes(x=Gene, y=Expression, group=Samples, colour="#000099")) + geom_line() + scale_x_discrete(limits=flevels.tge)
我想在线图上叠加avggraph.有没有办法做到这一点？我试过avggraph + linegraphs但是我收到了一个错误.我认为这是因为图表是由两个不同的数据帧生成的.
我还应该指出两个图的轴是相同的.两个图都具有X轴上的基因和Y轴上的基因表达.
任何帮助将不胜感激!
我很难在另一个数据框的底部添加一个.
我有一个数据帧(我们称之为DF1),它有1行和5列.我有另一个有50行和5列的数据帧(我们称之为DF2).我将其设置为两个BOTH数据帧之间的列匹配 - 它们具有相同的列.实际上,DF1是基于DF2的计算.
这就是DF1的样子:
row.names pt1 pt2 pt3 pt4
calc 0.93 0.45 0.28 0.54
这就是DF2的样子:
row.names pt1 pt2 pt3 pt4
SNP1 AA AG AG AA
SNP2 CT CT TC CC
SNP3 GG CG CG <NA>
SNP4 AA GG AG AA
SNP5 <NA> <NA> <NA> <NA>
DF1应该是实际数据点的数量(未丢失的值的数量)除以可能值的总数.
所以..我想将DF1添加到DF2的底部,如下所示:
row.names pt1 pt2 pt3 pt4
SNP1 AA AG AG AA
SNP2 CT CT TC CC
SNP3 GG CG CG <NA>
SNP4 AA GG AG AA
SNP5 <NA> <NA> <NA> <NA>
calc 0.93 …坚持R中的错误
Error in names(x) <- value :
'names' attribute must be the same length as the vector
这个错误是什么意思？
我总结了一个由ID组成的数据框列(称为DATA),因此我得到了给定列中每个ID的总数.我想将它转换为另一个数据帧(称为TOTALNUM),所以我有两列.第一列是ID本身,第二列是每个ID的总数.这可能吗？
样本数据:
ids <- c(1,2,3,4,5,1,2,3,1,5,1,4,2,2,2)
info <- c("A","B","C","A","B","C","A","B","C","A","B","C","A","B","C")
DATA <- data.frame(ids, info)
DATA$ids <- as.factor(DATA$ids)
我想把它放在一个数据框中:顶行是新数据框中的第一列.第二行将是新数据框中的第二列.
summary(DATA$ids)
这就是我希望数据框看起来像:
ids nums
1 4
2 5
3 2
4 2
5 2
谢谢!!
是否可以从一个函数返回4个不同的数据框？
场景:
我正在尝试读取文件,解析它,并返回文件的某些部分.
我的函数看起来像这样:
parseFile <- function(file){
carFile <- read.table(file, header=TRUE, sep="\t")
carNames <- carFile[1,]
carYear <- colnames(carFile)
return(list(carFile,carNames,carYear))
}
我不想使用list(carFile,carNames,carYear).有没有办法返回3个数据帧而不先将它们返回到列表中？
我有一个文件,有22268行BY 2521列.当我尝试使用以下代码行读入文件时:
file <- read.table(textfile, skip=2, header=TRUE, sep="\t", fill=TRUE, blank.lines.skip=FALSE)
但我只读入了13024行BY 2521列,并出现以下错误:
x <-count.fields(textfile, sep="\t", skip=2)
incorrect <- which(x != 2521)
我还使用此命令查看哪些行的列数不正确:
file <- read.table(textfile, skip=2, header=TRUE, sep="\t", fill=TRUE, blank.lines.skip=FALSE)
并找回了大约20行不正确的列表.
有没有办法用NA值填充这些行？
我认为这是"fill"参数在read.table函数中的作用,但它并没有出现.
要么
有没有办法忽略"不正确"变量中标识的这些行？
我有一个看起来像这样的数据框:
Samp1 Samp2 Samp3 Samp4 Samp5
Gene1 84.1 45.2 34.3 54.6 76.2
Gene2 94.2 12.4 68.0 75.3 24.8
Gene3 29.5 10.5 43.2 39.5 45.5
...
我正在尝试创建一个散点图,其中x轴是样本(Samp1-5),y轴是行(Gene1-3等等),但我希望绘制每行的数据作为同一情节中的不同颜色.
关于如何在R中做到这一点的任何想法？我非常愿意在R中使用ggplot2,格子,汽车或任何其他包装.
我有一个数据框(让我们称之为df),如下所示:
col1 <- c("1/10", "2/30", "1/40", "3/23", "0/17", "7/14")
col2 <- c("2/44", "0/13", "4/55", "6/43", "0/19", "2/34")
col3 <- c("0/36", "0/87", "3/11", "2/12", "4/33", "0/12")
col4 <- c("1/76", "2/65", "2/21", "5/0", "2/26", "1/52")
df <- data.frame(col1,col2,col3,col4)
目标:在每个单元格中有两个数字用"/"分隔.创建两个数据帧:1个具有LEFT编号的数据帧和另一个具有RIGHT编号的数据帧.
理想情况下,最终结果如下所示:
df.left.numbers:
col1 col2 col3 col4
1 2 0 1
2 0 0 2
1 4 3 2
3 6 2 5
0 0 4 2
7 2 0 1
df.right.numbers:
col1 col2 col3 col4
10 44 36 76
30 13 87 …假设我有一个如下所示的数据框(df):
options(stringsAsFactors = F)
cars <- c("Car1", "Car2", "Car3", "Car4", "Car5", "Car6", "Car7", "Car8", "Car9")
test1 <- c(0,0,3,1,4,2,1,3,0)
test2 <- c(0,0,2,1,0,2,2,5,0)
test3 <- c(1,0,5,1,2,2,6,7,0)
test4 <- c(2,NA,2,1,2,2,1,1,0)
test5 <- c(0,0,1,1,0,2,1,3,0)
test6 <- c(1,0,1,1,1,2,3,4,0)
test7 <- c(3,0,2,1,0,2,1,1,0)
df <- data.frame(cars,test1,test2,test3,test4,test5,test6,test7)
#df
cars test1 test2 test3 test4 test5 test6 test7
#1 Car1 0 0 1 2 0 1 3
#2 Car2 0 0 0 NA 0 0 0
#3 Car3 3 2 5 2 1 1 2
#4 Car4 1 1 1 …我有一个看起来像这样的字符串:
exampleList <- c("rs40535:1745233:G:A_AGGG","rs41111:1733320:GAC:AAC_TTTTTTG", "exm2344379:1724237:A:T_A", "exm-rs234380:1890910:A:G_A", "rs423444419_T","psy_rs73453432_TCCC","22:1701234072:C:T_C","9:4534345:rs2342342_G","chr10_rs7287862_C","psy_rs7291672_A")
我希望删除最后一个下划线(_)之后的所有内容,所以我的结果看起来像这样:
[1] "rs40535:1745233:G:A" "rs41111:1733320:GAC:AAC" "exm2344379:1724237:A:T" "exm-rs234380:1890910:A:G" "rs423444419" "psy_rs73453432" "22:1701234072:C:T" "9:4534345:rs2342342" "chr10_rs7287862" "psy_rs7291672"
我已经尝试了以下内容,但这会在第一个_之后删除所有内容.
gsub("\\_.*$","",exampleList)
我认识到有类似的帖子,但我在R中找不到.