我正在使用一个名为 Snakemake 的 python-dsl，如下所示：
from bx.intervals.cluster import ClusterTree
from epipp.config import system_prefix, include_prefix, config, expression_matrix
config["name"] = "correlate_chip_regions_and_rna_seq"
bin_sizes = {"H3K4me3": 1000, "PolII": 200, "H3K27me3": 200}
rule all:
input:
expand("data/{bin_size}_{modification}.bed", zip,
bin_size=bin_sizes.values(), modification=bin_sizes.keys())
rule get_gene_expression:
input:
expression_matrix
output:
"data/expression/series.csv"
run:
expression_matrix = pd.read_table(input[0])
expression_series = expression_matrix.sum(1).sort_values(ascending=False)
expression_series.to_csv(output[0], sep=" ")
我想对run:块内的东西运行 yapf 。
是否有可能让 yapf 忽略 python 中不存在的内容，例如rule关键字等，而只在文件的特定部分使用它？
我正在与Snakemake合作，但找不到找到当前规则名称的方法。
例如，有没有办法像这样进行访问：
rule job1:
input: check_inputs(rules.current.name)
output: ...
当check_inputs每个规则的功能大致相同时，这将非常有用。
当然，我做到了，它的工作原理是：
rule job1:
input: check_inputs("job1")
output: ...
但是，我想知道是否存在一种更多的“ Snakemaker方式”来获取当前规则的名称，以避免每次都编写/硬编码该规则的名称。
任何帮助或建议将不胜感激。
--- EDIT1 ---只有当snakemake解析了and 语句时，才能
访问规则名称。因此在/ 定义中无法使用。{rules.myrule.name}inputoutput{rules.myrule.name}inputoutput
这样做的想法是例如快速访问当前规则的名称{rules.current}，因为{rules.myrule.name}它也是重复的。
在以下示例中，将在与输入文件相同的位置创建输出文件。有没有办法在输出部分获取通配符值的基本名称，以便我可以使用输入文件的基本名称来命名输出文件，但将其写入不同的位置？
infile=['/home/user/folder1/file1','/home/user/folder2/file2/']
rule one:
input: expand("{myfile}", myfile = infile)
output: "{myfile}" + ".out"
shell: "touch {wildcards.myfile}.out"
我注意到我的备份rsync脚本花了很多时间从.snakemake/metadata文件夹中复制具有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？
我可以在完成蛇形运行之后安全地擦除它们吗，或者它们是蛇形正确执行下一次运行所必需的吗？
更一般而言，是否有一些有关蛇形.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
考虑一下这个蛇文件：
def rdf(fn):
f = open(fn, "rt")
t = f.readlines()
f.close()
return t
rule a:
output: "test.txt"
input: "test.dat"
params: X=lambda wildcards, input, output, threads, resources: rdf(input[0])
message: "X is {params.X}"
shell: "cp {input} {output}"
rule b:
output: "test.dat"
shell: "echo 'hello world' >{output}"
当运行并且test.txt和test.dat都不存在时，会出现此错误：
InputFunctionException in line 7 of /Users/tedtoal/Documents/BioinformaticsConsulting/Mars/Cacao/Pipeline/SnakeMake/t2:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'test.dat'
但是，如果test.dat存在，则可以正常运行。为什么？
我希望在snakemake准备运行规则'a'之前不对参数进行评估。相反，它必须在DAG阶段中在运行规则“ a”之前调用上述params函数rdf（）。但是，即使最初不存在test.dat，也可以进行以下操作：
import os
def rdf(fn):
if not os.path.exists(fn): return ""
f = open(fn, "rt")
t = f.readlines()
f.close() …是否可以使用带有通配符的snakemake并展开：
rule a:
input:
"input/{first}.txt",
expand("data/{second}.txt", second=A_LIST)
output:
expand("output/{first}_{second}, second=A_LIST)
我试图将给定规则的集群内存分配基于输入文件的文件大小。这在snakemake中可能吗？如果可以的话如何实现？
到目前为止，我已经尝试在该resource:部分中指定它，如下所示：
rule compute2:
input: "input1.txt"
output: "input2.txt"
resources:
mem_mb=lambda wildcards, input, attempt: int(os.path.getsize(str(input))/(1024*1024))
shell: "touch input2.txt"
但似乎 Snakemake 尝试在创建文件之前预先计算此值，因为我收到此错误：
InputFunctionException in line 35 of test_snakemake/Snakefile:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'input1.txt'
我使用以下命令运行我的snakemake：
snakemake --verbose -j 10 --cluster-config cluster.json --cluster "sbatch -n {cluster.n} -t {cluster.time} --mem {resources.mem_mb}"
让我们有一个简单的蛇文件
rule targets:
input:
"plots/dataset1.pdf",
"plots/dataset2.pdf"
rule plot:
input:
"raw/{dataset}.csv"
output:
"plots/{dataset}.pdf"
shell:
"somecommand {input} {output}"
我想归纳出绘图规则，以便它可以在docker容器中运行，
rule targets:
input:
"plots/dataset1.pdf",
"plots/dataset2.pdf"
rule plot:
input:
"raw/{dataset}.csv"
output:
"plots/{dataset}.pdf"
singularity:
"docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
shell:
"somecommand {input} {output}"
如果我了解得很好，当我运行时，我会在docker容器中snakemake --use-singularity获得该somecommand运行，如果不对容器进行一些卷配置，则无法找到输入的csv文件。
您能否提供一个小的工作示例，说明如何在Snakefile或其他Snakemake文件中配置卷？
I'm trying to use Snakemake rules within a loop so that the rule takes the output of the previous iteration as input. Is that possible and if yes how can I do that?
Here is my example
mkdir -p test
echo "SampleA" > test/SampleA.txt
echo "SampleB" > test/SampleB.txt
SAMPLES = ["SampleA", "SampleB"]
rule all:
input:
# Output of the final loop
expand("loop3/{sample}.txt", sample = SAMPLES)
#### LOOP ####
for i in list(range(1, 4)):
# Setup …我正在尝试为 Snakemake 工作流程中的输出目录别名创建一个符号链接目录结构。
让我们考虑以下示例：
很久以前，在一个遥远的星系里，有人想找到宇宙中最好的冰淇淋口味，并进行了一项调查。我们的示例工作流程旨在通过目录结构表示投票。调查是用英语进行的（因为他们在那个外国星系都说英语），但结果也应该被非英语人士理解。符号链接可以解决问题。
为了使我们人类和 Snakemake 可以解析输入，我们将它们粘贴到一个 YAML 文件中：
cat config.yaml
flavours:
chocolate:
- vader
- luke
- han
vanilla:
- yoda
- leia
berry:
- windu
translations:
french:
chocolat: chocolate
vanille: vanilla
baie: berry
german:
schokolade: chocolate
vanille: vanilla
beere: berry
为了创建相应的目录树，我从这个简单的 Snakefile 开始：
flavours:
chocolate:
- vader
- luke
- han
vanilla:
- yoda
- leia
berry:
- windu
translations:
french:
chocolat: chocolate
vanille: vanilla
baie: berry
german:
schokolade: chocolate
vanille: vanilla
beere: berry
我确信有更多 'pythonic' 方法来实现我想要的，但这只是一个简单的例子来说明我的问题。 …