标签: snakemake

我想知道如何管理蛇文件中的路径。假设我有这样的配置：

current_dir
current_dir/snakefiles
current_dir/configfiles

我这样执行我的工作流程：

current_dir$ snakemake -s snakefiles/my_snakefile --configfile configfiles/my_config.yml

我知道我可以使用全局变量获取 Snakefile 的路径workflow.snakefile，但我还想获取：

• 我的配置文件的路径
• 我执行蛇文件的路径，例如current_dir

如何实现这一目标？Snakemake 中还有其他我不知道的全局变量吗？

谢谢

我从snakemake开始。我设法定义了一些可以独立运行的规则，但不能在工作流程中运行。也许问题在于它们有不相关的输入和输出。

我目前的工作流程是这样的：

configfile: './config.yaml'

rule all:
    input: dynamic("task/{job}/taskOutput.tab")
rule split_input:
     input: "input_fasta/snp.fa"
     output: dynamic("task/{job}/taskInput.fa")
     shell:
     "rm -Rf tasktmp task; \
     mkdir tasktmp task; \
     split -l 200 -d {input} ./tasktmp/; \
     ls tasktmp | awk '{{print \"mkdir task/\"$0}}' | sh; \
     ls tasktmp | awk '{{print \"mv ./tasktmp/\"$0\" ./task/\"$0\"/taskInput.fa\"}}' | sh"
rule task:
     input: "task/{job}/taskInput.fa"
     output: "task/{job}/taskOutput.tab"
     shell: "cp {input} {output}"
rule make_parameter_file:
     output:
    "par/parameters.txt
     shell:
    "rm -Rf par;mkdir par; \
    echo \"\
minimumFlankLength=5\n\
maximumFlankLength=200\n\
alignmentLengthDifference=2\
allowedMismatch=4\n\
allowedProxyMismatch=2\n\
allowedIndel=3\n\
ambiguitiesAsMatch=1\n\" …

是否可以使用命令行开关将snakemake 文件和/或规则文件配置为仅在某些情况下执行某些规则。

为了详细说明，假设我的规则文件夹中有这些规则：

• 规则1
• 规则2a
• 规则2b
• 规则2c
• 规则3

是否可以通过这种方式配置/执行工作流程：

• 调用snakemake --user_option 2a将导致规则 1、规则 2a、规则 3 被调用
• 调用snakemake --user_option 2b将导致规则 1、规则 2b、规则 3 被调用
• 等等

提前致谢。

我有一个 Snakemake 工作流程，其中包含运行另一个“内部”snakemake 工作流程的规则。
有时内部工作流程的某个规则失败，就意味着内部工作流程失败。因此，output内部工作流程下列出的所有文件都会被外部工作流程删除，即使创建这些文件的内部工作流程的规则成功完成也是如此。
有没有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者也许您可以建议另一种解决方法？
一些注意事项：

• 必须列出内部工作流的输出，因为它们用作外部工作流中其他规则的输入。
• 我尝试将内部工作流程的输出设置为protected，但这没有帮助。
• 我还尝试添加exit 0到内部工作流程的调用末尾，以使 Snakemake 认为它已成功完成，

像这样：

rule run_inner:
    input:
        inputs...
    output:
        outputs...
    shell:
        """
        snakemake -s inner.snakefile
        exit 0
        """

但输出仍然被删除。
将不胜感激任何帮助。谢谢！

我的蛇文件看起来像这样。

rule do00_download_step01_download_:
    input:
        
    output:
        "data/00_download/scores.pqt"
    run:
        from lib.do00_download import do00_download_step01_download_
        do00_download_step01_download_()
rule do00_download_step02_get_the_mean_:
    input:
        "data/00_download/scores.pqt"
    output:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    run:
        from lib.do00_download import do00_download_step02_get_the_mean_
        do00_download_step02_get_the_mean_()
rule do01_corr_step01_correlate:
    input:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    output:
        "data/01_corr/corr.pqt"
    run:
        from lib.do01_corr import do01_corr_step01_correlate
        do01_corr_step01_correlate()
rule do95_plot_step01_correlations:
    input:
        "data/01_corr/corr.pqt"
    output:
        "plot/heatmap.png"
    run:
        from lib.do95_plot import do95_plot_step01_correlations
        do95_plot_step01_correlations()
rule do95_plot_step02_plot_dist:
    input:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    output:
        "plot/dist.png"
    run:
        from lib.do95_plot import do95_plot_step02_plot_dist
        do95_plot_step02_plot_dist()
rule do99_figures_step01_make_figure:
    input:
        "plot/dist.png"
        "plot/heatmap.png"
    output:
        "figs/fig01.svg"
    run:
        from lib.do99_figures import do99_figures_step01_make_figure
        do99_figures_step01_make_figure()
rule all:
    input:
        "figs/fig01.svg"

我已按顺序排列规则，希望这能确保所有步骤都按该顺序运行。但是，当我运行时snakemake，它只运行第一条规则，然后退出。 …

我在函数中索引我的snakemake通配符时遇到问题.由于某种原因,变量在"通配符"列表中的存储顺序各不相同.我使用该函数为我的一个规则生成输入文件的路径,并且随着正确值的位置发生变化,规则每次查询只会成功一次.如何在"通配符"列表中控制或修复通配符的位置？我添加了我的Snakefile的相关内容.

谢谢你,zuup

#!/usr/bin/env python3
import glob
import re

R_BIN = "Rscript"

pop = "lineA lineB".split()
group = "test control".split()
chrom = "X Y".split()

def getInput(Wildcards):
    pop = str(Wildcards[0])
    group = str(Wildcards[1])
    chrom = str(Wildcards[2])
    path = "Resources/bed/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]/" + pop + "_" + group + r"_rep[1-5]_chr" + chrom + ".bed"
    return(glob.glob(path))

rule BED2BS:
    input:
        getInput
    output:
        wd + "Resources/bs/{pop}_{group}/{group}_chr{chrom}.RDS"
    shell:
        R_BIN + " Scripts/Script1.R {input} {output}"

我想在snakemake的帮助下对不同的输入文件多次执行R脚本。为此，我尝试使用 expand 函数。

我对snakemake比较陌生，当我正确理解它时，扩展功能为我提供了例如多个输入文件，然后所有输入文件都可以通过{input}.

是否可以对文件一一调用shell命令？

假设我在 config.yaml 中有这个定义：

types:
    - "A"
    - "B" 

这将是我的示例规则：

rule manual_groups:
    input:
        expand("chip_{type}.bed",type=config["types"])
    output:
        expand("data/p_chip_{type}.model",type=config["types"])
    shell:
        "Rscript scripts/pre_process.R {input}"

这将导致命令：

Rscript scripts/pre_process.R chip_A.bed chip_B.bed

是否可以使用如下两种类型独立调用命令两次：

Rscript scripts/pre_process.R chip_A.bed
Rscript scripts/pre_process.R chip_B.bed

提前感谢您的任何帮助！