如何获取snakemake输出规则中通配符值的基本名称？

Question

在以下示例中，将在与输入文件相同的位置创建输出文件。有没有办法在输出部分获取通配符值的基本名称，以便我可以使用输入文件的基本名称来命名输出文件，但将其写入不同的位置？

infile=['/home/user/folder1/file1','/home/user/folder2/file2/']

rule one:
 input: expand("{myfile}", myfile = infile)

 output: "{myfile}" + ".out"

 shell: "touch {wildcards.myfile}.out"

Answer 1

在 Snakemake 中有一个简单的方法可以使用lambda在 Snakemake 中使用Python 函数

首先，您应该创建一个文件字典，以文件名作为键，以路径作为值的文件，如下所示：

files = {'filesA' : 'path/to/fileA.ext', 'filesB' : 'path/to/fileB.ext'}

该字典可以位于蛇文件中或配置文件中。我建议把它放在配置文件中并这样调用config['dict_name']

lambda现在让我们使用function编写规则：

rule all : 
 input :
   #If you want to create in a different directory use this,
   #but it has to be like output from rule one. 
   #expand('{directory}{filename}{extension}',
           #directory = 'path/to/newdir',
           #filename = config['dictname'].keys(),
           #extension = '.out')
   #Otherwise
   expand('{filename}{extension}',
          filename = config['dictname'].keys(),
          extension = '.out')
rule one:
 input: lambda wildcards: config['dictname'][wildcards.input]

 output: "{input}" + ".out"

 message: "Executing one using {input}"

 shell: "touch {input}.out"

在代码中，您有两个规则，第一个调用的规则all将被执行。因此，当您启动时，snakemake它将想要获取与创建的列表相对应的文件列表expand。

Snakemake 将查看规则是否生成该文件列表，如果不是，它将在目录中搜索它们。expand正如您所看到的，您可以使用目录、文件名、后缀、前缀、扩展名等指定您想要的一切。

在这个例子中，Snakemake想要一些文件名是键字典和扩展名的文件.out。该规则one是产生它们的完美规则。

该规则的one工作原理如下：对于字典的每个键，都将执行该规则。输入部分中的 lambda 函数就起到了这个作用。根据记录，通配符可以被称为任何你想要的，input这只是一个例子。

为了更优雅，您可以将 lambda 函数的内容放入变量中，如下所示：

_input_One = lambda wildcards: config['dictname'][wildcards.input]

然后像这样编写规则一输入：

input: _input_One 

有关更多信息，请查看https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/上的文档

雨果