即使某些规则失败，我也希望能够让我的蛇形工作流程继续运行。
例如，我使用各种工具来执行 ChIP-seq 数据的峰值调用。但是，某些程序在无法识别峰值时会发出错误。在这种情况下，我更愿意创建一个空的输出文件，而不是让 snakemake 失败（就像一些峰值调用者已经做的那样）。
使用“shell”和“run”关键字，是否有类似蛇形的方法来处理这种情况？
谢谢
编辑.
我现在使用Rstudio版本1.0.136和pandoc 1.19.2.1并且没有变化.
这真让我抓狂.有人真的对此有所了解吗？
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我不能再编织HTML或PDF了,虽然它曾经工作得很好.这是我一直得到的错误:
pandoc: out of memory (requested 1048576 bytes)
Error in strsplit(version_info, "\n")[[1]] : subscript out of bounds
Calls: <Anonymous> ... pandoc_available -> find_pandoc -> lapply -> FUN -> get_pandoc_version
In addition: Warning message:
running command ''/usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc' --version' had status 1
Execution halted
我以前有Rstudio 0.999.903,我卸载了,然后安装了1.0.44版本,通过Rstudio重新安装了knitr包,但是我又遇到了这个错误.
我使用debian软件包安装程序从git存储库安装了pandoc 1.18-1,同样的问题.
我尝试卸载R并重新安装更新的版本,但没有成功.
命令行有效:
library(rmarkdown)
rmarkdown::render("test.Rmd", "html_document")
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我正在使用Debian(LMDE2).
感谢帮助
我想知道如何管理蛇文件中的路径。假设我有这样的配置：
current_dir
current_dir/snakefiles
current_dir/configfiles
我这样执行我的工作流程：
current_dir$ snakemake -s snakefiles/my_snakefile --configfile configfiles/my_config.yml
我知道我可以使用全局变量获取 Snakefile 的路径workflow.snakefile，但我还想获取：
current_dir如何实现这一目标？Snakemake 中还有其他我不知道的全局变量吗？
谢谢