Snakemake 只运行第一条规则，而不是全部

Question

我的蛇文件看起来像这样。

rule do00_download_step01_download_:
    input:
        
    output:
        "data/00_download/scores.pqt"
    run:
        from lib.do00_download import do00_download_step01_download_
        do00_download_step01_download_()
rule do00_download_step02_get_the_mean_:
    input:
        "data/00_download/scores.pqt"
    output:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    run:
        from lib.do00_download import do00_download_step02_get_the_mean_
        do00_download_step02_get_the_mean_()
rule do01_corr_step01_correlate:
    input:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    output:
        "data/01_corr/corr.pqt"
    run:
        from lib.do01_corr import do01_corr_step01_correlate
        do01_corr_step01_correlate()
rule do95_plot_step01_correlations:
    input:
        "data/01_corr/corr.pqt"
    output:
        "plot/heatmap.png"
    run:
        from lib.do95_plot import do95_plot_step01_correlations
        do95_plot_step01_correlations()
rule do95_plot_step02_plot_dist:
    input:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    output:
        "plot/dist.png"
    run:
        from lib.do95_plot import do95_plot_step02_plot_dist
        do95_plot_step02_plot_dist()
rule do99_figures_step01_make_figure:
    input:
        "plot/dist.png"
        "plot/heatmap.png"
    output:
        "figs/fig01.svg"
    run:
        from lib.do99_figures import do99_figures_step01_make_figure
        do99_figures_step01_make_figure()
rule all:
    input:
        "figs/fig01.svg"

我已按顺序排列规则，希望这能确保所有步骤都按该顺序运行。但是，当我运行时snakemake，它只运行第一条规则，然后退出。

我已经单独检查了所有步骤（我导入的函数）是否运行良好，以及输入和输出文件的路径。一切看起来都很好。所以我猜测问题出在我格式化蛇文件的方式上。我是新手snakemake（初级）。因此，如果有人指出我应该如何解决这个问题，那将会非常有帮助。

Answer 1

这是预期的行为。这是文档中的相关部分：

此外，如果在命令行中没有给出目标，Snakemake将定义Snakefile的第一条规则作为目标。因此，最佳实践是all在工作流程的顶部设置一条规则，将所有通常需要的目标文件作为输入文件。假设第一条规则的输出是目标。

如果将 移动rule all:到 Snakefile 的顶部，它应该按预期工作。