标签: networkd3

我正在尝试在R中使用一个名为d3Network的包来可视化某些网络,我在R中使用了这个例子:

# Load data
data(MisLinks)
data(MisNodes)

# Create graph
d3ForceNetwork(Links = MisLinks, Nodes = MisNodes, Source = "source",
               Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
               Group = "group", opacity = 0.4)

它只给了我一堆脚本而不是一个情节.我在互联网上看到了这个例子,似乎其他人从未遇到过这种问题.我做错了什么或遗漏了什么？而且我想知道如何指定Source节点和Target节点的颜色.

提前致谢

我一直试图在R中使用networkD3包绘制网络一周.该simpleNetwork功能正常工作,但它不能很好地控制图形的外观.该forceNetwork功能就是为了这个目的:显示具有丰富视觉特征的图形.

我遇到的问题几乎与此问题相同.我仔细阅读了包文档,并尝试了上述线程中提出的解决方案,没有运气:我得到的是一个没有边连接它们的节点云.

我的data.frames:

EDG

Gene1 Gene2 Prob
  1    22    3
  2    22    6
  3    22    6
  4    22    9
  5    22    3
  6    22    4
  7    22    8
  8    22    4
  9    22    6
 10    22    8
 11    22    6
 12    22   10
 13    22    6
 14    22    3
 15    22    6
 16    22    6
 17    22    0
 18    22    4
 19    22    6
 20    22    4

VERT

Symbol Chr …

我使用包的forceNetwork()功能创建了蛋白质突变网络 networkD3.它将在RStudio的"Viewer"窗格中呈现.

然后我可以将其保存为HTML文件,用于共享,保留动态特性(如点击节点,突出显示连接等).

我的网络图的png版本如下所示:

这是我原始数据中前20%的代表,完整的数据看起来更加庞大和复杂.

我需要能够向此forceNetwork添加搜索,以便特定节点可以位于复杂的网络中.通过编辑软件包networkD3和重新打包的副本,可以轻松实现javascript或jquery部分.但我的主要挑战是添加html代码以包含搜索框.

我的主要R代码如下所示:

library(networkD3)
library(XLConnect)

wb <- loadWorkbook("input.xlsx")
nodes <- readWorksheet(wb, sheet="Node", startRow = 1, startCol = 1, header = TRUE)
links <- readWorksheet(wb, sheet="Edges", startRow = 1, startCol = 1, header = TRUE)


fn <- forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes,
                   Source = "Source", Target = "ID", Value = "Combo",
                   NodeID = "Mutation", linkDistance = JS('function(d){return d.value * 50;}'), 
                   Nodesize = "IF", Group = "Combo", radiusCalculation = JS("d.nodesize+6"),
                   zoom = T, bounded …

我们已经创建了 sankey 图来通过networkD3::sankeyNetwork()R显示不同城市之间的流量。我们已经收到客户要求在 sankey 节点的工具提示/悬停上显示与城市对应的“状态”名称。

在以下代码中，我们希望在节点的工具提示（悬停）上显示状态值

library(shiny)
library(networkD3)
library(shinydashboard)
value <-  c(12,21,41,12,81)
source <- c(4,1,5,2,1)
target <- c(0,0,1,3,3)

edges2 <- data.frame(cbind(value,source,target))

names(edges2) <- c("value","source","target")
indx  <- c(0,1,2,3,4,5)
ID    <- c('CITY1','CITY2','CITY3','CITY4','CITY5','CITY6')
State <- c( 'IL','CA','FL','NW','GL','TX')
nodes <-data.frame(cbind(ID,indx,State))

ui <- dashboardPage(
  dashboardHeader(
  ),
  dashboardSidebar(disable = TRUE),
  dashboardBody(
    fluidPage(
      sankeyNetworkOutput("simple")
    )
  )
)

server <- function(input, output,session) {
  
  
  output$simple <- renderSankeyNetwork({
    sankeyNetwork(Links = edges2, Nodes = nodes,
                  Source = "source", Target = "target",
                  Value = "value",  NodeID = "ID" 
                  ,units = …

我希望在 R Markdown 中使用 HTML 小部件/Javascript 创建交互式桑基图，因此我正在考虑使用networkD3 包。我希望利用的主要交互性是单击节点，以使从节点发出的路径向用户突出显示。

我之前使用Riverplot 包创建了静态桑基图，您可以在其中指定每列节点的相对位置以及该列中节点的顺序。

回到networkD3产品，我不确定是否可以以相同、简单的方式控制相对节点位置（垂直和水平）。我发现了一些似乎与我的要求相关的帖子，但我不清楚哪些（如果有）已经在包中实现，以及“愿望清单”上有哪些

我找到的帖子是：nodesort、固定节点和序列浏览器

所以，我的问题是是否有人可以就最好的 R 包或技术提供建议，以便创建一个基于交互式 HTML 小部件的桑基图，并具有初始（相对）节点位置控制？

背景

我正在尝试创建一个如下图所示的桑基图。实际上，我想获得一个输出，其中值（10、20、30、40）将在路径（从一个节点到另一个节点）中设置。

我怎么尝试的？

首先，我尝试使用Python的Plotly库。然而，我在某处发现无法在 Plotly（Python）中设置桑基图的链接或路径中的值。后来，我转向了 R（也出于其他一些原因），那里有更多可用的资源（我认为）。然而，在这里，我也面临着同样的问题。我已经检查了SO的许多教程（例如，这个），Q＆A（例如，1，2，3 ），它们位于. 尽管如此，我仍然找不到在路径中显示值的教程或资源！R

我的问题

如何在 R 中显示 Sankey Graph 的链接/路径上的值？

注意：这个和SO的这个问题似乎很相似。但是，我无法理解如何将它们合并到我的代码中。

示例代码（从这里收集）

# install.packages('networkD3')
library(networkD3)
nodes = data.frame("name" = 
 c("Node A", # Node 0
 "Node B", # Node 1
 "Node C", # Node 2
 "Node D"))# Node 3
links = as.data.frame(matrix(c(
 0, 1, 10, # Each row represents a link. The first number
 0, 2, 20, # represents the node …

下午好，从下面的代码我可以生成一个图表，但它不显示基础值。我试图调整这个线程中的代码，但我没有得到任何乐趣。我从来没有用过Java。

我需要的是一个图表，其中还包含每个节点下的值和百分比，如下图所示。

谢谢

library(dplyr)
library(networkD3)
library(tidyverse)
library(readxl)
library(RColorBrewer)

df = data.frame(Source = c("ABC","CDE","MNB","PCI","UCD"),
                 Destination = c("Me","You","Him","Her","Her"),
                 Value = c(200,350,456,450,100))


## Reshape dataframe to long
df2 = pivot_longer(df, c(Destination, Source))

## make unique list for destination and source
dest = unique(as.character(df$Destination))
sources = unique(as.character(df$Source))

## Assign nodes number to each element of the chart
nodes2 = data.frame(node = append(dest,sources), nodeid = c(0:8))
res = merge(df,nodes2, by.x="Source", by.y = "node")
res = merge(res,nodes2, by.x="Destination", by.y = "node")

## Make links …

我正在尝试在 R 中使用data.treeandNetworkD3创建文件系统的树表示，其中图形的节点按文件大小加权。

library(data.tree)
library(networkD3)

repo <- Node$new("Repository")
git <- repo$AddChild(".git")
prod <- repo$AddChild("Production")
exp <- repo$AddChild("Experimental")

repo$size <- 866000
git$size <- 661000
prod$size <- 153000
exp$size <- 48000

我可以使用 Get 获得这些大小的向量，这样

sizes <- repo$Get("size")

但是当我尝试将它们放在一起时，我不确定如何在网络可视化步骤中包含此权重信息。尝试做这样的事情......

reponet <- ToDataFrameNetwork(repo,"repo")
net <- forceNetwork(reponet, Nodesize = repo$Get("size"))

无济于事。基本上我正在尝试做 Julia Silge 在这篇很棒的SO 博客文章中所做的事情。有谁知道如何设置这个？

我使用了以下 R 代码，并得到了下图。但我想将节点的颜色从绿色更改为黑色。我尽力寻找相关的方法或参数，但没有找到。

library(networkD3)

source <- c(0,1,3,4,4)
target <- c(2,2,1,1,0)
value <- c(33,44,66,77,88)
link_group <- as.character(c('a', 'b', 'c', 'd', 'e'))


sankeydata <- data.frame(source,target, value, link_group)
sankeydata
names <- c('a', 'b', 'c', 'd', 'e')
id <- c(0,1,2,3,4)
group <- as.character(c(1,1,1,1,1))

sankeyNodes <- data.frame(names,id,group)

sankeyNetwork(Links = sankeydata, Nodes = sankeyNodes, Source = "source", colourScale = JS(
  'd3.scaleOrdinal()  
  .domain(["a","b","c","d","e"])
  .range(["#B3E2CD","#FDCDAC","#CBD5E8","#F4CAE4","#E6F5C9"])'), 
  Target = "target", Value = "value", NodeID = "names", LinkGroup = "link_group", units = "Quads",
  NodeGroup = "group", fontSize = 15, nodeWidth = …

当我在 rmarkdown 中写报告时，我所有的数字都自动保存在文件夹下graphs。但是，由于 Sankey 图不同，它不会自动保存为图片（.png 等...）。有解决方法吗？（没有通过 RStudio Plots 面板手动保存每个图表？）

我之前看到过这个问题。但是来自的选项rbokeh会产生低质量的图形。我尝试使用第二个选项，但是代码中似乎有错误，因为函数抛出object 'vl' not found.

由于这个问题是三年前的问题，我认为目前可能有更好的解决方案。

我要保存的示例图形：

---
title: "Untitled"
author: "Guilherme"
date: "12/5/2020"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE,
                      fig.path = "graph/")
```

```{r}
library(networkD3)
URL <- paste0('https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/',
              'master/JSONdata/energy.json')
energy <- jsonlite::fromJSON(URL)

# Plot
sankeyNetwork(Links = energy$links, Nodes = energy$nodes, Source = 'source',
             Target = 'target', Value = 'value', NodeID = 'name',
             units = 'TWh', fontSize = 12, nodeWidth = …