标签: networkd3

我正在尝试创建一个简单的forceNetwork，但该图不会呈现。我不断收到以下警告：

Warning message: It looks like Source/Target is not zero-indexed. This is required in JavaScript and so your plot may not render.

我该如何解决？请注意，这simpleNetwork很好用，所以问题似乎出在我如何指定我的数据上。

library(igraph)
library(networkD3)
set.seed(42)
temp<-data.frame(source=c(1,2,3,4),target=c(2,3,4,4))#csv[1:500,]

links<-data.frame(source=temp$source,target=temp$target)
g<-graph.data.frame(cbind(temp$source,temp$target), directed=T)
nodes<-data.frame(name=1:length(V(g)),group=1)

forceNetwork(Links=links,Nodes = nodes,
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group')

simpleNetwork(temp)

我正在尝试使用networkD3和shiny来可视化一些数据.我希望在单击图表中的节点时执行操作.我正在使用对齐网络,如下面的代码所示.

forceNetwork可以选择在单击节点时进行"clickaction"响应.但是,我无法为diagonalNetwork找到类似的选项,还有另一种方法可以实现吗？

谢谢你的帮助!

#### Load necessary packages and data ####
library(shiny)
library(networkD3)

data(MisLinks)
data(MisNodes)

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
URL <- paste0(
  "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
  "master/JSONdata//flare.json")



## Convert to list format
Flare <- jsonlite::fromJSON(URL, simplifyDataFrame = FALSE)


#### Server ####
server <- function(input, output) {

  output$simple <- renderDiagonalNetwork({
    diagonalNetwork(List = Flare, fontSize = 10, opacity = 0.9)
  })  


  output$force <- renderForceNetwork({
    forceNetwork(Links = MisLinks, Nodes = MisNodes, Source = "source",
                 Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
                 Group = "group", opacity …

目前,我正在尝试networkD3按照Chris Grandrud(https://christophergandrud.github.io/networkD3/)的说明创建一个包含交互式的Sankey .
我不明白的是表格式,因为他只使用两列来可视化更多的过渡.更具体地说,我有一个包含四列代表4年的数据集.这些列中有不同的酒店名称,而每行代表一个客户,这四年内被"跟踪".

    URL <- paste0(
        "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
        "master/JSONdata/energy.json")
    Energy <- jsonlite::fromJSON(URL)

    sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source",
         Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
         units = "TWh", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

为了向您概述我的数据,请点击此处截图:

我会给你更多"编码"信息,但由于我对RI这个话题很新,希望你能在这个问题上跟随我的思路.如果没有,请不要犹豫不决.

谢谢 :)

我想重点关注上面的流程,将蓝色的"热量发电"块连接到粉红色的"电网"块.你会注意到流量是526 TWh,这是#62行Energy$links.

Energy$links
   source target   value
...
62     26     15 525.531
...

现在让我们关注引用节点的source和target值Energy$nodes.

Energy$nodes
                             name
...
15        Heating and cooling - homes
16                   Electricity grid
...
26                       Gas reserves
27                 Thermal generation
...

source当它实际引用节点数据的行"27"时,该值为"26".当实际引用节点数据的行"16"时,目标值为"15".为什么链接数据中的源和目标值实际上是指节点数据中的行 x-1而不是x？除了在构建这些Sankey图时在我头脑中执行x - 1计算时,还有什么方法吗？

这是完整的Energy数据:

> Energy
$`nodes`
                                 name
1                Agricultural 'waste'
2                      Bio-conversion
3                              Liquid
4                              Losses
5                               Solid
6                                 Gas
7                     Biofuel imports
8                     Biomass imports
9 …

假设通过 R 库networkD3生成网络图。进一步假设您可以将该网络图保存为外部独立 HTML 文件（请参阅输出部分），或者通过 R 库htmlwidgets呈现它。

您是否有任何方法可以将生成的网络导出为矢量图形（pdf 或 svg），无论是在 R 内部还是外部？

注意：我知道 D3.js 库的主要目的不是生成静态数据可视化，但肯定有一种方法可以使用/转换 D3 网络图进行印刷出版。

编辑 1：按照CJ Yetman 的建议，我通过 Firefox Developer Edition 检查了 HTML 文件的 DOM 属性。使用此方法，可以具体查看 SVG 属性（请参阅此示例），但它们大多是空的。但是，如何如 CJ Yetman 所示“从 DOM 中提取 SVG”？

我想根据它们的中心性在"大"图形(少于500个节点)上着色顶点,并允许用户删除点击事件上的边或顶点.删除顶点或边时,将在图上重新计算新的中心度分数,并再次渲染边和顶点的颜色.

我一直在关注visNetwork和networkD3 R软件包.这篇2015年的博客文章提到visNetwork比networkD3更具特色,但我读过几个提出networkD3如何改变和扩展其功能的SO问题.

在这两个包中的哪一个可以更简单地满足我的要求？

我有这个代码：

library(networkD3)

# Load data
data(MisLinks)
data(MisNodes)

new.nodes <- MisNodes
new.nodes$var1 <- runif(nrow(MisNodes),1,2)
new.nodes$var2 <- runif(nrow(MisNodes),1,2)

# Some script to show the node index in the new.nodes data frame
script <- 'alert("row: " + (d.index + 1));'

# Plot
forceNetwork(Links = MisLinks, Nodes = new.nodes,
             Source = "source", Target = "target",
             Value = "value", NodeID = "name",
             Group = "group", opacity = 0.8,
             clickAction = script)

我想通了通过询问来获取节点数据帧的行号d.index + 1。但是我想显示一个包含所有节点信息的表，如下所示（也许格式更好）：

    name group size     var1     var2
1 Myriel     1   15 …