使用权重向量设置 networkD3 节点大小

Question

我正在尝试在 R 中使用data.treeandNetworkD3创建文件系统的树表示，其中图形的节点按文件大小加权。

library(data.tree)
library(networkD3)

repo <- Node$new("Repository")
git <- repo$AddChild(".git")
prod <- repo$AddChild("Production")
exp <- repo$AddChild("Experimental")

repo$size <- 866000
git$size <- 661000
prod$size <- 153000
exp$size <- 48000

我可以使用 Get 获得这些大小的向量，这样

sizes <- repo$Get("size")

但是当我尝试将它们放在一起时，我不确定如何在网络可视化步骤中包含此权重信息。尝试做这样的事情......

reponet <- ToDataFrameNetwork(repo,"repo")
net <- forceNetwork(reponet, Nodesize = repo$Get("size"))

无济于事。基本上我正在尝试做 Julia Silge 在这篇很棒的SO 博客文章中所做的事情。有谁知道如何设置这个？

Answer 1

检查帮助文件forceNetwork...有许多您尚未设置的强制参数。

您可以使用simpleNetwork像您一样的链接数据框来绘制网络，但它不允许您控制节点大小...例如...

simpleNetwork(reponet)

要控制节点大小，您需要使用forceNetwork，但它需要一个链接数据框和一个节点数据框。您可以从您创建的对象构建节点数据框架sizes，然后调整链接数据框架中的源 ID 和目标 ID 以匹配节点数据框架中相应节点的索引（0 索引，因为它发送到 JavaScript）。 。 例如...

nodesdf <- data.frame(name = names(sizes), nodesize = sizes / 10000, group = 1)

reponet$from <- match(reponet$from, nodesdf$name) - 1
reponet$to <- match(reponet$to, nodesdf$name) - 1

forceNetwork(reponet, Nodes = nodesdf, Source = "from", Target = "to", 
             NodeID = "name", Group = "group", Nodesize = "nodesize")