迭代元组来计算列表中的值

Question

我有一个有多个基因的字典.元组(zip())给出每个位点的核苷酸.例如(A,A,A),(T,T,G)等我试图计算每个位点的核苷酸数.这样站点1显示3个A,站点2显示2个T和1个G.当我运行我的代码时,它只添加到A而没有别的.

List = tuple(zip(*myDict.values()))

A = 0
T = 0
G = 0
C = 0

site = 0

for value in List:
    site +=1
    if 'A':
        A += 1
    elif 'T':
        T += 1
    elif 'G':
        G += 1
    else:
        C =+ 1

print 'Site:', site
print 'A:', A
print 'T:', T
print 'G:', G
print 'C:', C

Answer 1

你可以(再次),最好地使用collections.Counter():

[Counter(site) for site in zip(*myDict.values())]

这将创建每个站点的基因计数列表.

示范:

>>> from collections import Counter
>>> myDict = {'abc':'AGCTAC', 'def': 'AGGTAC', 'ghi':'AGGTAG'}
>>> result = [Counter(site) for site in zip(*myDict.values())]
>>> result
[Counter({'A': 3}), Counter({'G': 3}), Counter({'G': 2, 'C': 1}), Counter({'T': 3}), Counter({'A': 3}), Counter({'C': 2, 'G': 1})]
>>> result[0]  # genes at site 0
Counter({'A': 3})
>>> result[2]  # genes at site 2
Counter({'G': 2, 'C': 1})

Answer 2

用途Counter():

>>> from collections import Counter
>>> lis=[('A', 'A', 'A'), ('T', 'T', 'G')]
>>> Counter(y for x in lis for y in x)
Counter({'A': 3, 'T': 2, 'G': 1})

另外,正如@Steven Rumbalski建议的那样,使用itertools.chain()而不是生成器表达式:

>>> from itertools import chain
>>> Counter(chain(*lis))
Counter({'A': 3, 'T': 2, 'G': 1}) 

对于各个站点的独立柜台,请参阅Martijn Pieters的回答

Answer 3

ITYM

for value in List:
    site +=1
    if value == 'A':
        A += 1
    elif value == 'T':
        T += 1
    elif value == 'G':
        G += 1
    else:
        C +=1

但有更好的方法; 看到其他答案.

此外,你不能打电话给你的名单List; 大写名称是为类保留的.list也不好,因为它隐藏了内置功能list().