在 AWS Batch 中使用 Snakemake 工作流程

Question

我想问 Snakemake 社区是否有人在 AWS Batch 中成功实施了 Snakemake 工作流程。

2018 年 10 月最近发布的第 4 页似乎表明 Snakemake 无法在 AWS 上运行，因为它无法处理资源管理。这是出版物：Tibanna：用于在云上可扩展执行便携式管道的软件- https://www.biorxiv.org/content/early/2019/04/29/440974.full.pdf

是的，同一篇论文确实表明 Snakemake 可以很好地与 Google Cloud Platform (GCP) 配合使用。

但是，Snakemake 文档指出：“Snakemake 4.0 及更高版本支持通过 Kubernetes 在云中执行。这与云提供商无关。” - https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executable.html#cloud-support

因此，我想知道是否有人使用 AWS Batch 实施了 Snakemake。

另外，在这个问题上，有没有人知道任何 github/bitbucket 页面详细说明了 Snakemake 与 GCP 的成功实现。

提前致谢。

Answer 1

本页详细介绍了 Snakemake 在 GCP 或 AWS 等云环境中的使用：

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/executing/cluster-cloud.html

AWS 实际上可以通过 Tibanna 获得。