Snakemake 包装器中（生物）conda 版本的最佳实践？

Question

environment.yml使用 conda 在 Snakemake 包装器中指定包的最佳实践是什么？我明白渠道应该是：

channels:    
  - conda-forge
  - bioconda
  - base

但是，指定包的好选择是什么？我是否指定没有版本？完整版？

使用完整版本导致之前使用无限/超长 conda 环境解析问题。但是，不固定版本会带来隐式升级到不兼容版本的包的风险。

我是只指定直接依赖项还是应该将输出放在conda env export那里以便一切都被冻结？

Answer 1

对于包版本号，我通常会选择固定主要和次要版本。通过这种方式，用户在创建环境时将获得最新的安全补丁和错误修复，而不会以向后不兼容的方式进行任何更改（只要开发人员正确遵循语义版本控制）。

此外，我只会指定直接依赖项，并让环境求解器处理任何隐式依赖项。这提供了一定程度的自由来满足不同包的不同需求，而通常包的配方应该指定对特定版本的任何限制。

另一种避免（未来）冲突并保持环境快速创建的方法是保持环境尽可能小和细化（请参阅下面的 Johannes 评论）。如果不同的规则只共享一些依赖项而不共享其他依赖项，我宁愿为每个规则创建单独的最小环境，而不是重用更大的环境。Snakemake 包装器无论如何都会这样做，因为每个包装器都有自己的环境定义。

正如约翰内斯所指出的，这同样适用于频道：只指定您实际使用的频道，无需再指定base频道。并且在使用时mamba，您可以指定bioconda为第一个通道。

谈论mamba：如果速度很重要，我目前会使用mamba来解决环境问题——它通常比 conda 快得多，并且更能确保您获得最新版本的软件包。在 中snakemake，您可以通过--conda-frontend mamba在Maarten 对问题的评论中指出的那样使用它。

但是，当然一切都取决于。如果您知道包的配方未处理的版本不兼容，则可能需要指定和固定隐式依赖项。如果您的软件可以创建可以随补丁版本更改的输出，那么您当然必须固定补丁版本。