如何在R中调用包含逗号的函数？

Question

在R中使用S3或S4类时,通常将类设置为泛型my_generic,然后对每个子类型使用点my_generic.my_type.最近,我一直在看这种模式,但使用逗号代替句点my_generic,my_type.问题是我无法使用帮助操作符?或在控制台中输入函数名称,因为逗号被视为错误.有解决方法吗？我尝试过使用反引号,但它不起作用.

这方面的一个例子是包中的draw方法ComplexHeatmap:

methods(draw)
[1] draw.colorkey             draw.details       draw,HeatmapAnnotation-method 
[4] draw,HeatmapList-method draw,Heatmap-method      draw.key                      
draw,SingleAnnotation-method

做?draw.colorkey工作,但?draw,HeatmapAnnotation-method没有.

Answer 1

首先,直接调用方法是非常糟糕的做法,特别是使用S4.您正在查看的"带逗号的函数"实际上是S4方法.

帮助页面

要查找帮助页面(如果存在),您可以使用如下引号:

?"draw,Heatmap-method"

但成功并不能保证.这在很大程度上取决于程序包的作者是否具有单独的方法帮助文件,或者使用了正确的别名.在这种特殊情况下,您会看到在帮助页面?draw上,该包的作者添加了一些指向特定方法的链接.

找到所有S4方法

要仅了解所有S4方法,请使用showMethods而不是methods.

> library(ComplexHeatmap)
> showMethods("draw")
Function: draw (package ComplexHeatmap)
object="Heatmap"
object="HeatmapAnnotation"
object="HeatmapList"
object="SingleAnnotation"

请参阅方法的内部代码

要获得实际方法以便查看内部代码,请使用getMethod:

getMethod(draw, signature = "Heatmap")
Method Definition:

function (object, ...) 
{...
    }
    .local(object, ...)
}
<environment: namespace:ComplexHeatmap>

Signatures:
        object   
target  "Heatmap"
defined "Heatmap"

使用特定的S4方法(但不是真的)

您可以分配该调用的结果并将其用作函数:

mat = matrix(rnorm(80, 2), 8, 10)
mat = rbind(mat, matrix(rnorm(40, -2), 4, 10))
rownames(mat) = letters[1:12]
colnames(mat) = letters[1:10]

ht = Heatmap(mat)
myMethod <- getMethod(draw, signature = "Heatmap")

myMethod(ht)

但是你不应该试图直接调用方法.最后一次通话的结果完全相同

draw(ht)

所以你最好使用泛型函数,让调度完成它的工作.