Snakemake：删除输出文件

Question

我不知道如何使用 Snakemake 规则来删除已变得无用的 Snakemake 输出文件。

具体来说，我有一条规则bwa_mem_sam创建一个名为{sample}.sam. 我有另一个规则，bwa_mem_bam它创建一个名为{sample.bam}.

如果这两个文件包含不同格式的相同信息，我想删除第一个文件，但无法成功执行此操作。

任何帮助将非常感激。本.

rule bwa_mem_map:
    input:
        sam="{sample}.sam",
        bam="{sample}.bam"
    shell:
        "rm {input.sam}"

# Convert SAM to BAM.
rule bwa_mem_map_bam:
    input:
        rules.sam_to_bam.output


# Use bwa mem to map reads on a reference genome.
rule bwa_mem_map_sam:
    input:
        reference=reference_genome(),
        index=reference_genome_index(),
        fastq=lambda wildcards: config["units"][SAMPLE_TO_UNIT[wildcards.sample]],
    output:
        "mapping/{sample}.sam"
    threads: 12
    log: 
        "mapping/{sample}.log"
    shell:
        "{BWA} mem -t {threads} {input.reference} {input.fastq} > {output} 2> {log} "\
        "|| (rc=$?; cat {log}; exit $rc;)"


rule sam_to_bam:
    input:
        "{prefix}.sam"
    output:
        "{prefix}.bam"
    threads: 8
    shell:
        "{SAMTOOLS} view --threads {threads} -b {input} > {output}"

Answer 1

您不需要规则来删除 sam 文件。只需将“bwa_mem_map_sam”规则中的输出 sam 文件标记为临时：

rule bwa_mem_map_sam:
    input:
        reference=reference_genome(),
        index=reference_genome_index(),
        fastq=lambda wildcards: config["units"][SAMPLE_TO_UNIT[wildcards.sample]],
    output:
        temp("mapping/{sample}.sam")
    threads: 12
    log: 
        "mapping/{sample}.log"
    shell:
        "{BWA} mem -t {threads} {input.reference} {input.fastq} > {output} 2> {log} "\
        "|| (rc=$?; cat {log}; exit $rc;)"

一旦不再需要临时文件（即：不用作任何其他规则的输入），它就会被snakemake删除。

评论后编辑：如果我理解正确，您的陈述“如果用户要求 sam...”意味着 sam 文件被放入目标规则中。如果是这种情况，那么只要目标规则的输入包含sam文件，该文件就不会被删除（我猜）。如果 bam 文件放入目标规则（而不是 sam）中，则它将被删除。

另一种方法是这样的：

rule bwa_mem_map:
    input:
        sam="{sample}.sam",
        bam="{sample}.bam"
    output:
        touch("{sample}_samErased.txt")
    shell:
        "rm {input.sam}"

并在目标规则中请求“{sample}_samErased.txt”。