包中无法卸载R:无法安装包

Question

我试图在R中安装一个包,但无法解决以下错误.

到底是怎么回事？:(

我正在运行Fedora 20,R 3.2

 biocLite("monocle")
    BioC_mirror: http://bioconductor.org
    Using Bioconductor version 3.0 (BiocInstaller 1.16.5), R version 3.2.0.
    Installing package(s) 'monocle'
    trying URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/monocle_1.0.0.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 332309 bytes (324 KB)

    downloaded 324 KB

    installing *source* package ‘monocle’ ...
    R
    inst
    preparing package for lazy loading
    Error in unloadNamespace(package) : 

    namespace ‘plyr’ is imported by ‘reshape2’, ‘ggplot2’, ‘scales’ so cannot be unloaded
    Error in library(pkg, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, lib.loc = lib.loc) : 

    Package ‘plyr’ version 1.8.1 cannot be unloaded
    ERROR: lazy loading failed for package ‘monocle’
    removing ‘/home/user/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2/monocle’

Answer 1

我通过重新启动 R 解决了这个问题。

Answer 2

看起来monocle正在尝试卸载并plyr再次安装，但它不能，因为其他包ggplot2，scales并且reshape2依赖于plyr. 请使用删除这些包

remove.packages("ggplot2")
remove.packages("reshape2")
remove.packages("scales")

最后

remove.packages("plyr")

monocle现在再次尝试安装。

Monocle 确实取决于 plyr

取决于 R (>= 2.7.0), HSMMSingleCell(>= 0.101.5), Biobase, ggplot2 (>= 0.9.3.1), splines, VGAM (>= 0.9-5), igraph (>= 0.7.0),胶合板

在monocle主页http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/monocle.html

Answer 3

我收到了同样的MASS包错误。

下面的命令用于删除该包。

remove.packages("MASS")

在下面的命令下新鲜尝试，它奏效了。

install.packages("MASS")
library(MASS)