如何在不重启R的情况下卸载软件包？

Question

我想卸载一个包而不必重新启动R(主要是因为重新启动R,因为我尝试了不同的,冲突的包令人沮丧,但可以想象这可以在一个程序中使用一个函数然后另一个 - 虽然命名空间引用可能是一个更好的主意用于此用途).

?library 没有显示任何可以卸载包的选项.

有一种建议是detach可以卸载包,但以下两个失败:

detach(vegan)

错误detach(vegan):无效name参数

detach("vegan")

错误detach("vegan"):无效name参数

那么如何卸载包呢？

Answer 1

试试这个(?detach详情请见):

detach("package:vegan", unload=TRUE)

可以同时加载多个版本的包(例如,如果您在不同的库中具有开发版本和稳定版本).要分离保证所有副本都已分离,请使用此功能.

detach_package <- function(pkg, character.only = FALSE)
{
  if(!character.only)
  {
    pkg <- deparse(substitute(pkg))
  }
  search_item <- paste("package", pkg, sep = ":")
  while(search_item %in% search())
  {
    detach(search_item, unload = TRUE, character.only = TRUE)
  }
}

例如,用法

detach_package(vegan)

要么

detach_package("vegan", TRUE)

Answer 2

您还可以使用unloadNamespace命令,如下所示:

unloadNamespace("sqldf")

该函数在卸载之前分离命名空间.

Answer 3

你可以取消选中RStudio中的复选框按钮(包)

Answer 4

我尝试了kohske写的答案,我又得到了错误,所以我做了一些搜索,发现这对我有用(R 3.0.2):

require(splines) # package
detach(package:splines)

或者也

library(splines)
pkg <- "package:splines"
detach(pkg, character.only = TRUE)

Answer 5

当您在脚本之间来回切换时,有时可能需要卸载程序包.这是一个简单的IF语句,它可以防止在您尝试卸载当前未加载的软件包时出现的警告.

if("package:vegan" %in% search()) detach("package:vegan", unload=TRUE) 

将其包含在脚本的顶部可能会有所帮助.

我希望你的一天!

Answer 6

detach(package:PackageName) 可以，并且不需要使用引号。

Answer 7

另一种选择是

devtools::unload("your-package")

这显然也解决了注册的 S3 方法未被删除的问题unloadNamespace()

Answer 8

您可以尝试删除一个包（以及它带来的所有依赖项）使用，unloadNamespace()但内存占用仍然存在。不，detach("package:,packageName", unload=TRUE, force = TRUE)也不行。

从全新的控制台或Session > Restart R使用pryr软件包检查内存：

pryr::mem_used()

# 40.6 MB   ## This will depend on which packages are loaded obviously (can also fluctuate a bit after the decimal)

检查我的 sessionInfo()

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1   pryr_0.1.4       magrittr_1.5     tools_3.6.1      Rcpp_1.0.3       stringi_1.4.3    codetools_0.2-16 stringr_1.4.0   
[9] packrat_0.5.0   

让我们加载Seurat包并检查新的内存占用：

library(Seurat)
pryr::mem_used()

# 172 MB    ## Likely to change in the future but just to give you an idea

让我们使用unloadNamespace()来删除所有内容：

unloadNamespace("Seurat")
unloadNamespace("ape")
unloadNamespace("cluster")
unloadNamespace("cowplot")
unloadNamespace("ROCR")
unloadNamespace("gplots")
unloadNamespace("caTools")
unloadNamespace("bitops")
unloadNamespace("fitdistrplus")
unloadNamespace("RColorBrewer")
unloadNamespace("sctransform")
unloadNamespace("future.apply")
unloadNamespace("future")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("ggrepel")
unloadNamespace("ggridges")
unloadNamespace("ggplot2")
unloadNamespace("gridExtra")
unloadNamespace("gtable")
unloadNamespace("uwot")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("reticulate")
unloadNamespace("rsvd")
unloadNamespace("survival")
unloadNamespace("Matrix")
unloadNamespace("nlme")
unloadNamespace("lmtest")
unloadNamespace("zoo")
unloadNamespace("metap")
unloadNamespace("lattice")
unloadNamespace("grid")
unloadNamespace("httr")
unloadNamespace("ica")
unloadNamespace("igraph")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("KernSmooth")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("MASS")
unloadNamespace("pbapply")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("png")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("RcppAnnoy")
unloadNamespace("tidyr")
unloadNamespace("dplyr")
unloadNamespace("tibble")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("tidyselect")
unloadNamespace("purrr")
unloadNamespace("htmlwidgets")
unloadNamespace("htmltools")
unloadNamespace("lifecycle")
unloadNamespace("pillar")
unloadNamespace("vctrs")
unloadNamespace("rlang")
unloadNamespace("Rtsne")
unloadNamespace("SDMTools")
unloadNamespace("Rdpack")
unloadNamespace("bibtex")
unloadNamespace("tsne")
unloadNamespace("backports")
unloadNamespace("R6")
unloadNamespace("lazyeval")
unloadNamespace("scales")
unloadNamespace("munsell")
unloadNamespace("colorspace")
unloadNamespace("npsurv")
unloadNamespace("compiler")
unloadNamespace("digest")
unloadNamespace("R.utils")
unloadNamespace("pkgconfig")
unloadNamespace("gbRd")
unloadNamespace("parallel")
unloadNamespace("gdata")
unloadNamespace("listenv")
unloadNamespace("crayon")
unloadNamespace("splines")
unloadNamespace("zeallot")
unloadNamespace("reshape")
unloadNamespace("glue")
unloadNamespace("lsei")
unloadNamespace("RcppParallel")
unloadNamespace("data.table")
unloadNamespace("viridisLite")
unloadNamespace("globals")

现在检查sessionInfo()：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tools_3.6.1       stringr_1.4.0     rstudioapi_0.10   pryr_0.1.4        jsonlite_1.6      gtools_3.8.1      R.oo_1.22.0      
 [8] magrittr_1.5      Rcpp_1.0.3        R.methodsS3_1.7.1 stringi_1.4.3     plyr_1.8.4        reshape2_1.4.3    codetools_0.2-16 
[15] packrat_0.5.0     assertthat_0.2.1 

检查内存占用：

pryr::mem_used()

# 173 MB

链接到屏幕播放演示

Answer 9

另请注意，您只能使用unload()一次。如果您第二次使用它而不重新运行library()，您将收到信息不多的错误消息invalid 'name' argument：

library(vegan)
#> Loading required package: permute
#> Loading required package: lattice
#> This is vegan 2.5-6
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
#> Error in detach("package:vegan", unload = TRUE): invalid 'name' argument

^{由reprex 包(v0.3.0)于 2020-05-09 创建}