p.调整 n < 测试次数

Question

我想p.adjust在 R 中应用该函数，其中nis < p 值的数量。独立测试的实际数量低于 p 值的数量，因为它来自具有连锁去平衡 Desequilibrium 的基因组数据（独立测试的有效数量，Meff）。

但是，该p.adjust函数不允许这样做：number of comparisons, must be at least length(p)。

有人知道如何更改函数或其他通用函数中的默认值来完成类似的工作吗？谢谢你！

遵循的步骤：

1 - 3242 个测试标记 = 3242 个 p 值

2 - 推断的 Meff 为：1096（http://simplem.sourceforge.net/ procedure）

现在我需要根据 Meff 估计修正后的 treshould 或修正后的 p 值。

我不确定哪种多重测试校正策略更适合或如何将其应用到我的数据中。

Answer 1

代码：

  p.adjust # typed at command line prints out the code
  # copy the body of the function

...真的非常简单，全是R。只需重新定义一个函数来注释掉该stopifnot()行：

my.p.adj <- function (p, method = p.adjust.methods, n = length(p)) 
 # paste the body and edit this:
....
p <- p[nna]
lp <- length(p)
# stopifnot(n >= lp)
if (n <= 1) 
....  # hit enter