错误： ！未能收集惰性表。由“db_collect()”中的错误引起 - 在 R 中使用 biomaRt 包

Question

我目前正在使用 R 开发一个生物信息学项目，在尝试使用该包时遇到错误biomaRt。安装包并将其加载到 R 中后，我尝试选择一个biomaRt数据库用于我的分析。

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这是我收到错误时运行的代码：

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library(biomaRt)\nensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")\n

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错误信息：

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Error in `collect()`:\n! Failed to collect lazy table.\nCaused by error in `db_collect()`:\n! Arguments in `...` must be used.\n\xe2\x9c\x96 Problematic argument:\n\xe2\x80\xa2 ..1 = Inf\n\xe2\x84\xb9 Did you misspell an argument name?\n\nBacktrace:\n     \xe2\x96\x86\n  1. \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80biomaRt::useEnsembl(biomart = "genes", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")\n  2. \xe2\x94\x82 \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80biomaRt:::.getEnsemblSSL()\n  3. \xe2\x94\x82   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80BiocFileCache::BiocFileCache(cache, ask = FALSE)\n  4. \xe2\x94\x82     \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80BiocFileCache:::.sql_create_db(bfc)\n  5. \xe2\x94\x82       \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80BiocFileCache:::.sql_validate_version(bfc)\n  6. \xe2\x94\x82         \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80BiocFileCache:::.sql_schema_version(bfc)\n  7. \xe2\x94\x82           \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80base::tryCatch(...)\n  8. \xe2\x94\x82           \xe2\x94\x82 \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80base (local) tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)\n  9. \xe2\x94\x82           \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80tbl(src, "metadata") %>% collect(Inf)\n 10. \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80dplyr::collect(., Inf)\n 11. \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80dbplyr:::collect.tbl_sql(., Inf)\n 12.   \xe2\x94\x9c\xe2\x94\x80base::tryCatch(...)\n 13.   \xe2\x94\x82 \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80base (local) tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)\n 14.   \xe2\x94\x82   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80base (local) tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])\n 15.   \xe2\x94\x82     \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80base (local) doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)\n 16.   \xe2\x94\x94\xe2\x94\x80dbplyr::db_collect(x$src$con, sql, n = n, warn_incomplete = warn_incomplete, ...)`\n\nR Version: 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)\nBiomaRt Version: 2.58.0\nOperating System: Windows\n

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我尝试更新所有软件包（biomaRt和dbplyr）并重新启动 R，但没有任何帮助。

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我将非常感谢有关如何解决此错误的任何指导或见解。预先感谢您的帮助！

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Answer 1

这可能是由于dbplyr升级造成的，已经有一个合并的 PRBiocFileCache来解决这个问题。

不知怎的，Inf争论tbl(src, "metadata") %>% collect(Inf)进入了...ofdbplyr::db_collect <- function(con, sql, n = -1, warn_incomplete = TRUE, ...)而不是n争论。

当BiocFileCache2.10.1 等待在 Bioconductor 服务器上构建时，降级dbplyr为我解决了这个问题 ( devtools::install_version("dbplyr", version = "2.3.4"))。

我想从他们的 Github 存储库安装最新版本BiocFileCache也可以。