Fed*_*rgi 7 bioinformatics fasta bioconductor biopython bioperl
我很想知道是否有任何生物信息学工具能够处理multiFASTA文件,给我信息序列,长度,核苷酸/氨基酸含量等信息,并可能自动绘制描述性图.也可以使用R BIoconductor解决方案或BioPerl模块,但我找不到任何东西.
你能帮助我吗？非常感谢 :-)
一些浮雕工具是一系列可以帮助您的小工具.
seqstats 返回序列长度pepstats应该给你氨基酸含量等一些工具也提供绘图功能.非常便利.
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/5.0/emboss/apps/groups.html为了计算fasta条目的数量,我使用:
grep -c '^>' mySequences.fasta.
为了确保没有条目重复,我检查在执行此操作时我得到相同的数字: grep '^>' mySequences.fasta | sort | uniq | wc -l
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