从Gene Symbol和Vice Versa获取SwissProt ID

Question

我是Bioconductor的新手,并试图找到合适的包装,以便能够做我想要的......它给出了一个SwissProt ID并给我Gene符号,反之亦然.

有很多套餐,我不知道我想要哪一个,谁有快速回答？

Answer 1

您可以采取的一种方法是使用有机体包:

library(org.Hs.eg.db)

假设我的基因符号与键中的符号类似:

keys <- c("A1BG","A2M","A2MP1","NAT1","NAT2","AACP")

然后你可以使用select()方法(这适用于R-2.14及更高版本).

select(org.Hs.eg.db, cols=c("SYMBOL", "UNIPROT"), keys= keys, keytype="SYMBOL")

希望这可以帮助!