使用BioPython运行BLAST查询

Question

我想要

1. BLAST几个序列
2. 从每个查询中检索前100个匹配
3. 汇集下载的序列
4. 删除重复项

我怎么能在BioPython中做到这一点？

Answer 1

 from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("myfasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string)
    print result_handle.read()

myfasta上方是您为Internet BLAST提供的自定义seq文件

您可以根据需要使用NCBIXML随后使用result_handle(即获得前100名,删除重复项)

Answer 2

当然可以 -本教程解释了如何在本地和使用 NCBI 运行 BLAST 以及如何解析结果。我将把实际的实现留给您作为练习！