我有一个文件夹，里面有很多文件（xyz1、xyz2，一直到 xyz5025），我需要在每个文件上运行一个脚本，得到 xyz1.faa、xyz2.faa 等等作为输出。
单个文件的命令是：
./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11
有没有办法自动做到这一点？也许是一个for-do组合？
我想将以下命令应用于当前目录中的所有文件
clustalw -align -infile=*here goes the input filename* -outfile=*here goes the output filename*
我还希望输出文件名与输入加上“.aln”相同。例如：
clustalw -align -infile=nexus0000.fna -outfile=nexus000.fna.aln
谢谢您的帮助！
我想提取包含以下模式的文件中的所有行：“#1:”和“tree length for”。
输入：
#1: nexus0002_Pseudomonas_10M
branch t N S dN/dS dN dS N*dN S*dS
6..5 0.000 390.0 195.0 0.0668 0.0000 0.0000 0.0 0.0
6..7 0.013 390.0 195.0 0.0668 0.0008 0.0114 0.3 2.2
7..1 0.000 390.0 195.0 0.0668 0.0000 0.0000 0.0 0.0
7..4 0.000 390.0 195.0 0.0668 0.0000 0.0000 0.0 0.0
6..8 0.000 390.0 195.0 0.0668 0.0000 0.0000 0.0 0.0
8..2 0.013 390.0 195.0 0.0668 0.0008 0.0114 0.3 2.2
8..3 0.013 390.0 195.0 0.0668 0.0008 0.0114 0.3 2.2
tree length …