将命令应用于目录中的所有文件

Question

我想将以下命令应用于当前目录中的所有文件

clustalw -align -infile=*here goes the input filename* -outfile=*here goes the output filename*

我还希望输出文件名与输入加上“.aln”相同。例如：

clustalw -align -infile=nexus0000.fna -outfile=nexus000.fna.aln

谢谢您的帮助！

Answer 1

您可以按文件扩展名使用 for 循环和通配符：

for file in *.fna; do
    clustalw -align -infile="$file" -outfile="$file.aln"
done

如果要使用单个命令，可以使用find：

find . -maxdepth 1 -type f -iname "*.fna" -exec clustalw -infile {} -outfile {}.aln  \;