在 Linux 中对列进行排序，保持其他值不变

Question

NODE_154_length  847 2997
NODE_154_length 3283    4509
NODE_154_length 4672    5715
NODE_154_length 6977    7768
NODE_29_length  3790    4317
NODE_29_length  4356    4712
NODE_29_length  4356    4712
NODE_29_length  158 319
NODE_29_length  1   97
NODE_29_length  1   96

我想要这样的输出：

NODE_154_length  847 2997
NODE_154_length 3283    4509
NODE_154_length 4672    5715
NODE_154_length 6977    7768
NODE_29_length  1   97
NODE_29_length  1   96
NODE_29_length  158 319
NODE_29_length  4356    4712
NODE_29_length  4356    4712
NODE_29_length  3790    4317

或者

NODE_29_length   1   97
NODE_29_length  1   96
NODE_29_length  158 319
NODE_154_length 847 2997
NODE_154_length 3283    4509
NODE_29_length  3790    4317
NODE_29_length  4356    4712
NODE_29_length  4356    4712
NODE_154_length 4672    5715
NODE_154_length 6977    7768

sort -k2,2 file 这对所有第 2 列进行排序并给出：

NODE_100_length_46867_cov_66.420166  1   50
NODE_104_length_141_cov_120.127663  1   210
NODE_104_length_141_cov_120.127663  1   210
NODE_104_length_141_cov_120.127663  1   225

这会干扰每个节点的完整坐标。

如果我sort -k2 file再次尝试这会给我奇怪的输出，而不是排序的方式。

我无法理解如何在 Linux 中使用 -k 选项。我正在使用 bash，Linux 13.10

Answer 1

语法是-k<start>[<flags>][,<end>[<flags>]]（如果,<end>省略，那是该行的结尾）。

这将要排序的行部分定义为一个排序键。

<start>并<end>参考字段编号。2for<start>表示第 2 个字段的开始，而2for<end>表示第 2 个字段的结束。

默认情况下，字段由非空白和空白之间的过渡分隔。例如，在：

NODE_154_length  847 2997

这些字段是：

[NODE_154_length][  847][ 2997]

执行sort -k2，对从第二个字段开始到行尾结束的行部分进行排序。所以上面，在[  847 2997]。sort正在做词法比较是默认的。

sort -k2,2只会考虑[  847]比较。

如果要对特定键进行数值比较，则必须将n <flag>加到排序键中。这样，  847就会被转换成一个数字。这就是为什么-k2,2nand-k2n会起作用，因为 the[  847]和[  847 2997] strings 都转换为number 847。

因此，要获得第一个结果，您需要按字典顺序对第一个字段进行排序，然后（第一个字段的排序相同）按数字顺序对第二个字段进行排序。是这样写的：

sort -k1,1 -k2,2n

在第二种情况下，您希望按数字对第二个字段进行排序，当它们排序相同时，保留原始顺序。

这就是您需要稳定排序-s选项的地方：

sort -s -k2,2n

（默认情况下，在键排序相同的情况下，sort诉诸于对整行进行词法比较；-s禁用它）。