如何使用 OR 匹配两个模式？

Question

我需要使用grepandawk来匹配两种类型的模式，但我无法弄清楚语法。

我的文件具有以下值：

sample1,gicode1,123,4541,221,3661,Sodalis sp.1
sample2,gicode1,123,0322,12,112342,Sodalis sp.2
sample3,gicode1,112,4541,00,2342,Candidatus sp.
sample4,gicode1,2341,4541,00,9606,Homo sapiens

我需要获取具有Sodalis. 这可以在名称中（所以第 7 列）或基于出租车，因为有时出现的命名不准确。ID 是第 6 列。

我的问题是有时第 6 列中的 ID 可以与其他列中不是id 的值匹配。如果我想要Sodalis带有 ID的物种2342，它会在样本 3 中正确显示，但它也是样本 4（第 3 列）中的评分值。

我可以使用awk -F, '$6==2342'或仅使用名称获取正确列中的 ID，grep 'Sodalis'但我遇到了将两者结合起来的问题，如下所示：

cat myfile.txt | grep "Sodalis" OR awk -F, '$6==2342' | wc -l

回报应该是 3，但我得到 2（for grep）或 1（for awk）。我已经试过许多这样的变化||或&甚至：

cat myfile.txt | grep "Sodalis" || cat myfile.txt | awk -F, '$6==2342'

但它给出了答案 1。

我知道我也可以使用 grepgrep -E 'Sodalis|2342'但不幸的是返回 4 因为第二个模式与样本 4 匹配，其中得分值恰好是2342。有没有办法grep根据某个列获得值？我还需要显示整行，因为我想将这些结果另存为一个名为Sodalis.txt.

Answer 1

这里不需要 grep - awk 完全能够匹配模式：

awk -F, '/Sodalis/ || $6==2342' myfile.txt | wc -l

或者

awk -F, '/Sodalis/ || $6==2342 {c++} END{print c}' myfile.txt

（回应评论）如果您只想限制与Sodalis第 7 列的匹配，并且可能从文件中读取每行一个的第 6 列 ID 列表ids.txt：

awk -F, 'NR==FNR{ids[$1]; next} $7 ~ /Sodalis/ || $6 in ids' ids.txt myfile.txt