如何遍历文件并执行行

Question

我有一个文本文件，其中包含用于从数据库中获取一些数据的 bash 命令。每个命令都用换行符分隔。请参见下面的示例：（命令也可以是“ls -l”、“catwhatever.txt”等）

prefetch SRR403012
fastq-dump --fasta 0 SRR403012
my_cpp_program.out SRR403012
...

如何创建一个执行所有这些命令的 bash 脚本？我想要按顺序执行命令的东西。然而！重要的是要注意命令在终止之前需要时间，因为我正在获取大量文件。因此，for 循环也应该等到执行完成。

#!/bin/bash

FILENAME="my_commands.txt"
LINES=$(cat $FILENAME)

for LINE in LINES
do
        execute $LINE
done

Answer 1

您的命令列表实际上是一个 shell 脚本，即使没有 shebang（#!/bin/bash顶部的行）。您可以将其指定为 shell 的参数，shell 将执行它，一次一行，等待执行完成：

bash my_commands.txt

或者，如果您的命令实际上并不需要bash，

sh my_commands.txt