如何转到每个目录并对特定文件执行命令？

Question

如何编写一个 bash 脚本，该脚本遍历 parent_directory 中的每个目录并对特定文件执行命令。

目录结构如下：

Parent_dir/
  dir1/
   acc.bam
  dir2/
   acc.bam
  dir3/
   acc.bam
... around 30 directories

这是我要使用的命令：

java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output

Answer 1

通常的成语是

for d in Parent_dir/*/
do
     (cd "$d" && $command)
done

该for循环直接在Parent_dir. 对于这些目录中的每一个，都会产生一个子 shell；在子 shell 中，我们尝试切换到该目录（这可能会失败，例如，如果我们没有足够的权限），如果成功，则执行命令。不管我们成功与否，这cd对父shell 没有影响，所以我们不必担心在那里出现错误的地方。

如果你想让它更健壮，你可以

    (cd "$d" && test -r acc.bam &&  $command)

以确保acc.bam在该目录中存在并且可读。您还可以添加test -w .以避免尝试在不可写的目录中运行命令。

PS 以上都不是 Bash 特有的；您可以非常方便地使用 /bin/sh 。

Answer 2

使用 . 循环遍历父目录中的文件for FILE in *; do ...; done。如果该文件是一个目录，cd则进入该目录，执行您的命令，然后cd ...

cd $parent_directory
for FILE in *; do
    if [ -d "$FILE" ]; then
        cd "$FILE"
        java8 -jar /picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/refFlathuman.refflat STRAND_SPECIFICITY=NONE I=acc.bam O=output
        cd ..
    fi
done

您还可以在命令中使用文件名来避免更改目录，例如I="$FILE/acc.bam".