如何合并压缩的 fastq 文件？

Question

如何合并 gzip 压缩的 fastq 文件？我试过这个来读 1 和读 2

zcat file_1.fastq.gz file_2.fastq.gz | gzip > combined.fastq.gz 

但它给了我不平等的阅读次数。为什么？
有没有其他方法可以做到这一点？

Answer 1

要合并（连接）两个文件，请使用cat：

$ cat file1 file2 >file3

由于这些压缩格式的结构方式，这也适用于使用gzip,bzip2和xz（可能还有其他）压缩的文件。

例如，假设我有两个压缩的 Fasta 文件（或我想连接的任何两个压缩文件）：

$ gzcat file1.fa.gz
>seq1
ACTACTACTACTACTACTACTACTACT

$ gzcat file2.fa.gz
>seq1
GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAAAAAA

我将它们组合在一起，没有任何解压缩或重新压缩：

$ cat file1.fa.gz file2.fa.gz >file3.fa.gz

结果是一个合并和压缩的文件：

$ gzcat file3.fa.gz
>seq1
ACTACTACTACTACTACTACTACTACT
>seq1
GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAAAAAA

请注意，如果这为您提供了某种错误的数据，则该错误可能也存在于您的一个（或两个）原始文件中。