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我正在使用 snakemake 设计一个 RNAseq 数据分析管道。虽然我已经设法做到了这一点，但我想让我的管道尽可能具有适应性，并使其能够在同一次分析中处理单读取 (SE) 数据或双端 (PE) 数据，而不是在一次运行中分析 SE 数据，在另一次运行中分析 PE 数据。

我的管道应该是这样设计的：

• 数据集下载，提供 1 个文件（SE 数据）或 2 个文件（PE 数据）-->
• 一组特定于 1 个文件的规则 A 或一 组特定于 2 个文件的规则 B -->
• 接受 1 或 2 个输入文件并将其/它们合并为单个输出的规则 -->
• 最终规则集。

注意：A 的所有规则都有 1 个输入和 1 个输出，B 的所有规则都有 2 个输入和 2 个输出，它们各自的命令如下所示：

• 1 个输入： somecommand -i {input} -o {output}
• 2 个输入： somecommand -i1 {input1} -i2 {input2} -o1 {output1} -o2 {output2}

注2：除了输入/输出的不同外，集合A和B的所有规则都具有相同的命令、参数/等...

换句话说，我希望我的管道能够根据样本在规则集 A 或规则集 B 的执行之间切换，或者通过在开始时在配置文件中提供样本信息（样本 1 是SE，样本 2 是 PE……这是事先知道的）或要求snakemake 计算数据集下载后的文件数，以便为每个样本选择合适的下一组规则。如果你看到另一种方式来做到这一点，欢迎你告诉我们。

我想过使用检查点、输入函数和 …