小编Exe*_*ter的帖子

在执行量化（kallisto/salmon）后，我正在使用一些快速的 R 脚本来 cbind 文件。问题是，我收到一个 R 错误，说我的输入文件长度不同，所以 cbind() 不起作用。
这显然不是这种情况，它们都是 16887 行（用 bash wc 检查），并且在没有snakenmake 的 R 中工作得很好。

还值得一提的是，我确实得到了随机数样本（~ 1 到 4）的输出。

这是R代码：

sample <- read.table(snakemake@input[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
if (!file.exists(snakemake@params[[1]])) {
  merge <- data.frame(sample)
} else {
  merge1 <- read.table(snakemake@params[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
  merge <- cbind(merge1, sample[,2, drop=F])
}
write.table(merge, snakemake@params[[1]], sep = "\t", quote = F, row.names = F)
file.create(snakemake@output[[1]])

而蛇形规则：

rule merge_quantif:
        input:
            QUANTIF+"/{sample}/quantif.txt"
        output:
            QUANTIF+"/{sample}/merge.done"
        params:
            QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"
        script:
            "Tools/merge_quantif.R"

我的文件是这样的： …