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在 Photoshop 或 R 中将来自耦合显微镜/光谱学的图像和数据拼接成全景图

我有一组由耦合扫描电子显微镜和能量色散光谱生成的图像和 X 射线数据。这是我的问题:

我像这样对岩石表面的横断面进行了成像(紫色框勾勒出横断面区域):

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我想要真正的高分辨率,所以我使用 7 张放大 3000 倍的图像并将它们与 Photoshop 中的 photomerge 脚本拼接在一起。这是单个图像的示例:

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以及它在光合图像横断面上的位置:

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在这 7 个位置中的每一个,我还收集了 X 射线数据,为检测到的每个元素生成元素图,并将其写入 TIFF。我还想将每个元素图 TIFF 拼接在一起,以便我可以将其叠加在岩石的合并横断面图像上。这是我想要的结果:

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问题是元素贴图没有足够的功能,无法使用 photomerge 将它们拼接在一起。它基本上是二进制的 - 如果检测到元素,则像素是某种颜色(例如,在我的示例图像中,红色代表铁,黄色代表硫),如果未检测到元素,则像素为黑色。您可以看到大部分元素地图大部分是黑色的。

我现在有 ~20 个横断面 x 7 个图像,每个 x ~10 个元素,这导致需要将 ~1400 个图像放在一起,因此需要自动化。

我的想法是用 photomerge 将岩石图像拼接在一起。photomerge 的输出是一个智能对象,其中每个图像都是一个图层。然后,我将使用一个脚本来获取 photomerged 图像对象中 7 个图像中每一个的左上角坐标、宽度和高度。然后,我会将这些属性放置并分配给 7 个图像的每个相应元素映射,以生成“合并”元素映射以覆盖在图像上。我试图自己解决这个问题,但我不精通 javascript 并且无法围绕 Photoshop API。

我在这里在 Github 上上传了一个示例数据集。7 个横断面位置从左到右:-2、-1、0、1、2、3、4。每个位置都有岩石和子目录的图像以及元素数据。

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