有没有什么方法可以轻松保存来自snakemake规则使用script指令执行python脚本的日志?该脚本使用的库已经有一些集成的日志记录,我想存储它们的日志。我不想使用shell或run指令,因为在使用 python 脚本时它们都不太舒服。另外,我希望答案会要求对 python 脚本进行最小的更改,主要更改在文件中Snakemake。这是代码示例:
rule correcting_ids:
input:
"assembly_{type}/{sample}/{dataset}/final.fasta"
output:
"assembly_{type}/{sample}/{dataset}/final.corrected.fasta"
log:
"logs/{sample}/correct_{type}_ids_{dataset}.log"
script:
"scripts/correcting_ids.py"```
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) snakemake ×1