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RMarkdown:“错误:找不到 html_dependency 的路径:”

我是一名化学家,使用 R 和 R Studio 分析质谱数据。我有处理我的数据的自动化脚本,因为有很多文件。脚本调用 rmarkdownrender()来导入数据、操作数据框、将处理后的数据框保存为 .csv 并生成绘图的 html。自从我最近更新到 R v3.5.1 和 R Studio v1.1.463 以来,我在渲染 rmarkdown 文件时遇到了问题。我收到的错误是:Error: path for html_dependency not found:如果我knit在 R Studio 中使用按钮,或者如果我使用render(). rmarkdown 中的脚本运行完成,因为生成的对象存在于 R Studio 的环境窗口中,但 html 文件未呈现,并且我收到停止循环的错误render()我用来处理特定文件夹中的所有文件。这是我在更新之前做过很多次的过程。

我跑了traceback(),得到以下结果:

8: stop("path for html_dependency not found: ", file, call. = FALSE)
7: FUN(X[[i]], ...)
6: lapply(dependencies, validate_html_dependency)
5: dependency_resolver(all_dependencies)
4: html_extras_for_document(knit_meta, runtime, dependency_resolver, 
       format_deps)
3: base(...)
2: output_format$pre_processor(yaml_front_matter, utf8_input, runtime, 
       knit_meta, files_dir, output_dir) …
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