我再次对如何实现这一目标感到困惑：

鉴于此数据框：

df <- tibble(
  foo = c(1,0,1),
  bar = c(1,1,1),
  foobar = c(0,1,1)
)

这个向量：

to_sum <- c("foo", "bar")

我想获得列中值的行式总和to_sum。

期望的输出：

# A tibble: 3 x 4
# Rowwise: 
    foo   bar foobar   sum
  <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
1     1     1      0     2
2     0     1      1     1
3     1     1      1     2

输入它是有效的（显然）。

df %>% rowwise() %>% 
  mutate(
    sum = sum(foo, bar)
  )

这不会：

df %>% rowwise() %>% 
  mutate(
    sum = sum(to_sum)
  )

我理解，因为如果我要尝试：

df %>% rowwise() …

问题：

我有一个很大的工作流程，它在某个时刻创建任意数量的文件{sample}，命名为例如test1.txt，test2.txt等。

然后我需要使用这些文件进行进一步处理。下一条规则的输入文件是{sample}/test1.txt、{sample}/test2.txt等。因此test1，test2等成为通配符。

数据结构为：

---data
 ---sample1
   ---test1.txt
   ---test2.txt
   ---test3.txt
 ---sample2
   ---test1.txt
   ---test2.txt
Snakefile

我正在努力如何使用snakemake来解决此类问题。我研究过该函数glob_wildcards，但不知道如何使用它。

直觉上，我会做这样的事情：

samples = ['sample1', 'sample2']

rule append_hello:
  input:
    glob_wildcards('data/{sample}/{id}.txt')
  output:
    'data/{sample}/{id}_2.txt'
  shell:
    " echo {input} 'hello' >> {output} "

我有两个问题：

1. Snakemkae 中如何处理这个问题？
2. 您将如何构造 arule all来运行它。

任何进一步阅读的意见或提示将不胜感激。

编辑

我认为这与通配符限制有关。当我跑步时：

assemblies = []
for filename in glob_wildcards(os.path.join("data/{sample}", "{i}.txt")):
    assemblies.append(filename)
print(assemblies)

我得到两个相应索引匹配的列表：

[['sample1', 'sample1', 'sample1', 'sample2', 'sample2'], ['test1', 'test2', 'test3', 'test5', …