小编Vin*_*bot的帖子

即使 Snakemake 构建的输出文件已经存在，Snakemake 也希望重新运行我的整个管道，因为我修改了第一个输入或中间输出文件之一。

我通过做一个 Snakemake 空运行来解决-n这个问题，它为更新的输入文件提供了以下报告：

Reason: Updated input files: input-data.csv

以及此消息用于更新中间文件

reason: Input files updated by another job: intermediary-output.csv

如何强制 Snakemake 忽略文件更新？

我使用 Snakemake 执行一些规则，但我遇到了一个问题：

rule filt_SJ_out:
input: 
    "pass1/{sample}SJ.out.tab"

output:
    "pass1/SJ.db"

shell:''' 
gawk '$6==1 || ($6==0 && $7>2)' {input} >> {output};


'''

在这里，我只想将一些文件合并到一个通用文件中，但是通过在谷歌上搜索，我发现输入中使用的通配符也必须在输出中使用。

但我找不到解决这个问题的解决方案..

提前致谢

在我的 Snakemake 项目中，我有一个 config.yaml 文件，它允许用户运行或不运行管道的某些步骤，例如：

DEG : 
   exec : True

因此，在 Snakefile 中，我包含了与 DEG 相关的规则：

if config["DEG"]["exec"]:
   include: "rules/classic_mapping.smk"
   include: "rules/counts.smk"
   include: "rules/run_DESeq2.smk"

问题是，现在我想在“all”规则中动态指定输出文件，以便Snakemake知道根据用户输入的参数生成哪些文件。例如，我想按如下方式进行：

rule all:   
   input:
       if config["DEG"]["exec"]:
          "DEG/DEG.txt"
       if config["DTU"]["exec"]:
          "DTU/DTU.txt" 

但它不起作用：如果在规则定义中，则 Unexpected 关键字的第 58 行出现 SyntaxError (Snakefile，第 58 行)

我需要外部观点来找到替代方案，因为 Snakemake 不应该以这种方式工作

提前致谢