小编Dot*_*ass的帖子

我试图基于像素强度值对2D MR图像的不同区域进行自动图像分割.第一步是在图像的直方图上实现高斯混合模型.

我需要将从score_samples方法中获得的高斯图绘制到直方图上.我已经尝试按照(理解高斯混合模型)的答案中的代码.

然而,得到的高斯不能完全匹配直方图.如何让高斯与直方图匹配？

import numpy as np
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.mixture import GaussianMixture

# Read image
img = cv2.imread("test.jpg",0)

hist = cv2.calcHist([img],[0],None,[256],[0,256])
hist[0] = 0     # Removes background pixels

# Fit GMM
gmm = GaussianMixture(n_components = 3)
gmm = gmm.fit(hist)

# Evaluate GMM
gmm_x = np.linspace(0,255,256)
gmm_y = np.exp(gmm.score_samples(gmm_x.reshape(-1,1)))


# Plot histograms and gaussian curves
fig, ax = plt.subplots()
ax.hist(img.ravel(),255,[1,256])
ax.plot(gmm_x, gmm_y, color="crimson", lw=4, label="GMM")

ax.set_ylabel("Frequency")
ax.set_xlabel("Pixel Intensity")

plt.legend()

plt.show()

我还尝试用总和手动构建高斯. …

编辑注意：这个问题最初的措辞是

如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

通过将 SimpleITK 1.0.0 升级到 1.0.1，我能够从 SimpleITK.Show() 启动 ImageJ。但是，ImageJ 无法打开“sample_mri.hdr”。ImageJ 生成以下错误消息。

文件格式不支持，请阅读器

插件不可用，或者未找到。

根/本地/linux/ImageJ/open(“/temp/TempFile-7131-2.nii”);

root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii");

我已经为 ImageJ 安装了适当的插件来读取 hdr/img （分析格式）。我可以通过转到 file>open 直接从 ImageJ 打开“sample_mri.hdr”

调试消息：

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app、/cis/home/vwang/bin/Fiji.app、~/bin/Fiji.app、/opt/Fiji.app、/usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app、/cis/home/vwang/bin/Fiji.app、~/bin/Fiji.app、/opt/Fiji.app、/usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./ImageJ、/cis/home/vwang/bin/ImageJ、~/bin/ImageJ、/opt/ImageJ、/usr/local/ImageJ ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./, /cis/home/vwang/bin/, ~/bin/, /opt/, /usr/local/ ]

结果：/usr/local/bin/ImageJ

显示命令： '/usr/local/bin/ImageJ' '-e' 'open("/tmp/sample-4434-0.nii"); 重命名（“样本”）；'

插件：

• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/analyze.html
• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html

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如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

我已经下载了ImageJ，可以直接运行ImageJ来查看图像。过去曾提出并回答过类似的问题（Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI），但解决方案适用于 …