SimpleITK.Show() 在 Linux 上的 ImageJ 中生成错误

Question

编辑注意：这个问题最初的措辞是

如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

通过将 SimpleITK 1.0.0 升级到 1.0.1，我能够从 SimpleITK.Show() 启动 ImageJ。但是，ImageJ 无法打开“sample_mri.hdr”。ImageJ 生成以下错误消息。

文件格式不支持，请阅读器

插件不可用，或者未找到。

根/本地/linux/ImageJ/open(“/temp/TempFile-7131-2.nii”);

root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii");

我已经为 ImageJ 安装了适当的插件来读取 hdr/img （分析格式）。我可以通过转到 file>open 直接从 ImageJ 打开“sample_mri.hdr”

调试消息：

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app、/cis/home/vwang/bin/Fiji.app、~/bin/Fiji.app、/opt/Fiji.app、/usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./Fiji.app、/cis/home/vwang/bin/Fiji.app、~/bin/Fiji.app、/opt/Fiji.app、/usr/local/Fiji.app ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./ImageJ、/cis/home/vwang/bin/ImageJ、~/bin/ImageJ、/opt/ImageJ、/usr/local/ImageJ ]

结果：

FindApplication 搜索路径：[ ./, /cis/home/vwang/bin/, ~/bin/, /opt/, /usr/local/ ]

结果：/usr/local/bin/ImageJ

显示命令： '/usr/local/bin/ImageJ' '-e' 'open("/tmp/sample-4434-0.nii"); 重命名（“样本”）；'

插件：

• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/analyze.html
• https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html

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如何在 Linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

我已经下载了ImageJ，可以直接运行ImageJ来查看图像。过去曾提出并回答过类似的问题（Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI），但解决方案适用于 Windows 操作系统。unix 的等价物是什么

setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe

我的Python代码：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')

错误信息：

    return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: 
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]

Answer 1

SimpleITK 无法找到 ImageJ。尝试将 debugOn=True 参数添加到 Show 命令中。这将向您显示用于尝试查找 ImageJ 的搜索路径。

所以你的节目将如下：

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

在 Linux 系统上，SimpleITK 搜索以下选项的路径：Fiji.app/ImageJ-linux64、Fiji.app/ImageJ-linux32、ImageJ/imagej、ImageJ 和 imagej。

如果您的 ImageJ 可执行文件被命名为其他名称，SimpleITK 将找不到它。我建议使用软链接以使其可找到，或使用 SITK_SHOW_COMMAND 环境变量。

更新：找不到 ImageJ 是您最初的问题。我不确定您的更新，但设置了 debugOn 标志后，您可以看到 SimpleITK 用于尝试启动 ImageJ 的实际命令行。