我正在使用scipy包中的Python和odeint来解决大量(~10e6)耦合的ODE.方程组可以表示为一些矩阵乘法的总和,我使用numpy和blas支持.我的问题是这需要很长时间.当我分析代码时,我发现大多数时候进入odeint做其他事情而不是评估rhs.这是来自探查器的五个最耗时的调用:
ncalls tottime percall cumtime percall filename:lineno(function)
5 1547.915 309.583 1588.170 317.634 {scipy.integrate._odepack.odeint}
60597 11.535 0.000 23.751 0.000 terms3D.py:5(two_body_evolution)
121194 11.242 0.000 11.242 0.000 {numpy.core._dotblas.dot}
60597 10.145 0.000 15.460 0.000 generator.py:13(Gs2)
121203 3.615 0.000 3.615 0.000 {method 'repeat' of 'numpy.ndarray' objects}
rhs基本上由two_body_evolution和Gs2组成.这个配置文件适用于~7000耦合的ODE,这对于~4000是相同的:
ncalls tottime percall cumtime percall filename:lineno(function)
5 259.427 51.885 273.316 54.663 {scipy.integrate._odepack.odeint}
30832 3.809 0.000 7.864 0.000 terms3D.py:5(two_body_evolution)
61664 3.650 0.000 3.650 0.000 {numpy.core._dotblas.dot}
30832 3.464 0.000 5.637 0.000 generator.py:13(Gs2)
61673 1.280 0.000 1.280 0.000 {method 'repeat' of …