小编Non*_*sad的帖子

我对肠杆菌基因组中的 4 个管家基因感兴趣。

所以我有我的管家基因，我在 NR 上大放异彩并下载了比对的序列。

我使用 MEGA7 软件和最大似然法制作了系统发育树。Boostrap 方法进行了 200 次迭代。

我将树导出为 newick 文件。

所以现在，我的 4 个管家基因有 4 棵树。我想用我的 4 棵树创建一个共识树。

就我个人而言，我尝试使用 Bio.Phylo 的共识树（http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Phylo.Consensus-module.html#strict_consensus）（http://biopython.org/wiki/Phylo）。我选择了 Majority_consensus 函数，它运行得很好。但我有一个问题。

我的“脚本”是这样的：

import os

import sys

from Bio import Phylo

from Bio.Phylo.Consensus import *

fichier=sys.argv[1]

fichier2=sys.argv[2]

fichier3=sys.argv[3]

fichier4=sys.argv[4]

tree1=Phylo.read(fichier, 'newick')

tree2=Phylo.read(fichier2, 'newick')

tree3=Phylo.read(fichier3, 'newick')

tree4=Phylo.read(fichier4, 'newick')

trees=tree1,tree2,tree3,tree4

majority_tree = majority_consensus(trees, 0.5)

Phylo.draw(majority_tree)

问题在于共识树依赖于顺序。例如，当我try trees = tree1,tree2,tree3,tree4和trees = tree2,tree4,tree1,tree3

有人知道另一种软件可以从 newick 文件中制作共识树吗？

我需要帮助Bio.Phylo。如果有人了解更多有关此包的信息，那就太好了。