我想计算我的聚类分析解决方案对实际距离分数的拟合程度。为此，我需要提取我正在聚类的刺激之间的距离。我知道在查看 树状图时我可以提取距离，例如 5 到 -14 之间的距离是 0.219（它们连接处的高度），但是是否有一种自动方法可以从 hclust 中的信息中提取距离目的？
List of 7
$ merge : int [1:14, 1:2] -5 -1 -6 -4 -10 -2 1 -9 -12 -3 ...
$ height : num [1:14] 0.219 0.228 0.245 0.266 0.31 ...
$ order : int [1:15] 3 11 5 14 4 1 8 12 10 15 ...
$ labels : chr [1:15] "1" "2" "3" "4" ...
$ method : chr "ward.D"
$ call : language hclust(d = as.dist(full_naive_eucAll, diag …我正在尝试制作一个相关热图,其中x轴使用移动到顶部cowplot::switch_axis_position.我有不同长度的轴标签,我希望标签左对齐(或者更确切地说是底部对齐,因为它们旋转了90度).虽然我设法对齐标签,但它们会远远超出情节.
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(cowplot)
# some toy data
set.seed(1)
mydata <- mtcars[, c(1, 3, 4, 5, 6, 7)]
# to show difference in justification better, make names of unequal length
names(mydata) = paste0(sample(c("mtcars_", ""), 6, replace = TRUE), names(mydata))
cormat <- round(cor(mydata), 2)
melted_cormat <- melt(cormat)
head(melted_cormat)
首先是x轴移动到顶部,标签垂直居中的图:
plot <- ggplot(data = melted_cormat, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) +
geom_tile() +
theme_bw(base_size=20) + xlab("") + ylab("") +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 0.5))
ggdraw(switch_axis_position(plot, 'x')) …