TL; DR：python版本冲突，我认为我下载并编译的python（3.6）无法使用此包（libmysqlclient-dev）进行向mysql的迁移。只有系统的默认python（3.4）可以。
我的ubuntu服务器带有python 3.4，我所有的django工作和其他工作都依赖于3.6。我了解到升级系统python是一个坏主意，因此我编译了python 3.6（带有altinstall）。
当我运行python3.6 manage.py migrate它给我这个mysql错误：
_mysql_exceptions.ProgrammingError：（1064，“您的SQL语法有错误；请检查与MySQL服务器版本相对应的手册，以在第1行的'（6）NOT NULL）'附近使用正确的语法”）
我尝试虚拟环境和正常的Python 3.6，既给了同样的错误，而我确信，libmysqlclient-dev和mysqlclient安装。
就像这个答案所暗示的那样，问题出在哪里，libmysqlclient-dev因为它apt-get不是通过安装的，pip所以我猜它只与默认的python（系统随附的3.4）兼容，或者我编译的python 3.6不被允许使用，因为当我制作一个带有python3.4（系统默认值）的django虚拟项目，python3.6 manage.py migrate并以相同的用户尝试在相同的mysql数据库上运行，成功了！
再次：我的问题是手动编译的python 3.6无法使用，只有3.4可以libmysqlclient-dev安装apt-get
更新
我想出了一个解决方法，但是效率不高。我将Django降级为2.0.9，并且（python manage.py migrate）正常运行。但是使用其他软件包可能会再次出现此问题。