小编ATp*_*int的帖子

我有数百个文件，命名如下：

RG1-t.txt

RG1-n.txt

RG2-t.txt

RG2-n.txt

等等...

我想使用GNU并行在它们上运行脚本，但是我很难获取文件的基本名称，因此RG1，RG2等...这样我就可以运行：

ls RG*.txt | parallel "command.sh {basename}-t.txt {basename}-n.txt > {basename}.out"

导致文件RG1.out，RG2.out等。有什么想法吗？

我有名称相同但位于不同文件夹中的文件。Nextflow 将这些文件暂存在同一工作目录中，从而导致名称冲突。我的问题是如何在不重命名文件的情况下处理这个问题。例子：

# Example data
mkdir folder1 folder2
echo 1 > folder1/file.txt
echo 2 > folder2/file.txt

# We read from samplesheet
$ cat samplesheet.csv
sample,file
sample1,/home/atpoint/foo/folder1/file.txt
sample1,/home/atpoint/foo/folder2/file.txt

# Nextflow main.nf
#! /usr/bin/env nextflow

nextflow.enable.dsl=2

// Read samplesheet and group files by sample (first column)
samplesheet = Channel
    .fromPath(params.samplesheet)
    .splitCsv(header:true)
    .map {
            sample = it['sample']
            file   = it['file']
            tuple(sample, file)
}
        
ch_samplesheet = samplesheet.groupTuple(by:0)

// That creates a tuple like:
// [sample1, [/home/atpoint/foo/folder1/file.txt, /home/atpoint/foo/folder2/file.txt]]

// Dummy process that stages …