小编giz*_*zmo的帖子

我正在尝试将gnu与一些基本的生物信息学工具并行使用,例如lastz.所以说我有10个seqs,我想在所有这些上使用lastz,我使用:

parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{}' ::: {1..10} 

哪个工作正常并返回:

lastz pathToFile/seq1.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq1
lastz pathToFile/seq2.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq2
lastz pathToFile/seq3.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq3
...
lastz pathToFile/seq10.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq10

但理想情况下,我希望这一步是bash脚本的一部分,它需要三个命令行参数,所以seqs的数量(例如1到10)在命令行中给出($ 2 = startValue,$ 3 = endValue值).我认为改变它可以工作:

parallel --dryrun lastz 'pathToFile/seq{}.fa query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq{}' ::: {"$2".."$3"}

但相反,返回

lastz pathToFile//seq\{\1..\10\} query.fasta --format=text > LASTZ_results_seq\{\1..\10\}

谁能告诉我这里我做错了什么？看起来它将2美元解释为1,将3美元解释为10,但后来却没有将其视为一系列数字......