我最近决定从snakemake开始。我在堆栈和蛇形文档中都找不到适合我需要的任何内容。我觉得我不明白一些事情，我可能需要一些解释。
我正在尝试制作一个简单的 snakemake 工作流程，该工作流程将一个 fastq 文件和一个测序摘要文件（包含有关读取的信息）作为输入，并将快速读取中的读取过滤到几个文件中（low.fastq 和 high.fastq） .
我的输入数据和我试图执行的 Snakefile 存储如下：
.
??? data
? ??? sequencing-summary-example.txt
? ??? tiny-example.fastq
??? Snakefile
??? split_fastq
这就是我迄今为止尝试过的：
*imports*
rule targets:
input:
"split_fastq/low.fastq",
"split_fastq/high.fastq"
rule split_fastq:
input:
"data/{reads}.fastq",
"data/{seqsum}.txt"
output:
"split_fastq/low.fastq",
"split_fastq/high.fastq"
run:
* do the thing *
我希望有一个目录“split_fastq”，其中包含“低”和“高”fastq。但是我得到了错误：
Building DAG of jobs...
WildcardError in line 10 of /work/sbsuser/test/roxane/alignement-ont/Snakefile:
Wildcards in input files cannot be determined from output files:
'reads'
尽管它似乎是一个非常流行的错误，但我不确定我是否不明白如何使用通配符或者是否存在其他问题。我是否正确使用了“输入”和“输出”？
snakemake ×1