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ggplot geom_tile与facet的间距

我试图在x轴上制作一个由两个离散变量排序的刻面ggplot.问题是我想让垂直相邻的条目全部接触.目前,行之间存在空间,基于该因子在顶部图中与底部的哪个级别.抱歉,这个可重复的例子有点冗长.

npats=20   

simsympt=c(id=1,date=1,tx="control",sympt=0) 

for(i in 1:npats)

 {   days=abs(round(rnorm(1,100,40),0))
     id=rep(as.character(i),days)
     date=1:days
     tx=rep(sample(c("control","treatment"),1),days)
     sympt= sample(0:10, days,p=c(12,3,3,2,1,1,1,1,1,1,1),rep=T)

   simsympt=      rbind(simsympt,      cbind(id,date,tx,sympt) )
  }
       ####tidy things up a bit   
     simsympt=data.frame(simsympt)[-1,]
     colnames(simsympt)=c('id','date','tx','level')
     simsympt$date=as.numeric(as.character(simsympt$date))
     simsympt$level=as.numeric(as.character(simsympt$level))
     #simsympt$id=as.numeric(as.character(simsympt$id))

  head(simsympt)

##now the important stuff

 p <- ggplot(simsympt, aes(x=date,y=id))    
 p=   p + geom_tile(aes(fill=level)) +   
      facet_grid(tx~.,drop=T,space="free")+
      scale_y_discrete(expand=c(0,0),drop=T)
 p
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这里没有描述

我只需要删除顶部和底部图形(facet)中行之间的所有垂直空间.例如,由于id号15在对照组中,因此在治疗组中不应该有她的行.谢谢,赛斯

r ggplot2

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使用 R-markdown 包含多个图形

我有一个 pdf 文件路径的 R 向量,我想放入我的 knitr 文档并编织到 html。我看到我可以得到一个单独的 pdf 文件

knitr::include_graphics(filepaths[1])
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我的文件路径向量很长并且在文档编辑之间改变大小。有没有一种方法可以一次性将它们全部包含在内。我原以为这会奏效。

for(i in filepaths){knitr::include_graphics(i)}
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也试过:

for(i in filepaths){ print("![](", filepaths[i], ")" ) }
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r knitr r-markdown

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使用带有R中的地图数据的ggplot创建动画

我有一个州的每个县的每周数据.我想创建一个循环遍历每周的动画,显示绘制到地图上的数据,颜色表示强度和/或上周的变化.

library(ggplot2); library(animation); library(maps); library(plyr)

county <- map_data("county")

wy <- county[county$region =="wyoming",]

l = length((wy$subregion))
#Add random variales
wy <- mutate(wy, a = runif(length(region)), 
             b = runif(length(region)), 
             c= runif(length(region)))

test <- function(j){             
ggplot(wy, aes(long, lat, group = group))+ 
  geom_path() + 
  geom_polygon(aes_string(fill=j))
}

test("c")
test("b")


v = c("a","b","c"))

oopt <- animation::ani.options(interval = 0.1)

FUN2 <- function() {
  lapply(v, function(i) {
    test(i)
    animation::ani.pause()
  })
}
FUN2()

saveHTML(FUN2(), autoplay = FALSE, loop = FALSE, verbose = FALSE, outdir = "images/animate/new",
 single.opts = "'controls': …
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animation r ggplot2

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